Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002393

染色体: Chr01 坐标: 41227364-41227790 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002393
名称SmilChr01G002393
描述14 kDa proline-rich protein DC2.15-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向41227364 - 41227790 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008158
GeneID131008158
locus_tag-
NCBI NameLOC131008158
原始查询SmilChr01G002393

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述14 kDa proline-rich protein DC2.15-like
产物14 kDa proline-rich protein DC2.15-like
ArabidopsisAT2G45180 (AT2G45180)
Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819126]
identity=79.5; qcov=0.976; evalue=9.28e-42; confidence=medium
RiceOs03g0103300 (qLTG-3-1(t))
-
identity=69.9; qcov=0.976; evalue=7.03e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2); PF14547 (Hydrophob_seed)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057791037.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791037.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791037.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791037.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791037.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:41227427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:41227461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791037.1
85 aa
N
1
42
85
Hydrophob_seed
Tryp_alpha_amyl
LTP_2
C
PF14547 Hydrophob_seed 2-85 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 4-84 aa PF14368 LTP_2 12-84 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791037.1 Pfam PF14547 Hydrophob_seed Domain 2 85 7.8e-27 94.2 Hydrophobic seed protein
XP_057791037.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 4 84 2.6e-16 60.3 Protease inhibitor/seed storage/LTP family
XP_057791037.1 Pfam PF14368 LTP_2 Family 12 84 1.4e-05 25.8 Probable lipid transfer

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935054.1
ATGTCTCCCAAAGACACCCTAAAATTGGGAGTTTGTGCCGACTTGCTGAATGACTTGGTGCACCTTGTGGTGGGAACCCCTCCCAAAACCCCATGCTGCACCCTCATCGAGGGTTTGGCCGATCTCGAGGCGGCTGTGTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAAGTGCTGGGCATCAACCTCAACGTGCCCGTCTCCCTCAGCTTGCTCTTGAACTACTGCGGCAAGAAGCTTCCCTCTGGCTTCCAATGCGCATAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008158
ATGTCTCCCAAAGACACCCTAAAATTGGGAGTTTGTGCCGACTTGCTGAATGACTTGGTGCACCTTGTGGTGGGAACCCCTCCCAAAACCCCATGCTGCACCCTCATCGAGGGTTTGGCCGATCTCGAGGCGGCTGTGTGCCTCTGCACCGCCATCAAGGCCAAAGTGCTGGGCATCAACCTCAACGTGCCCGTCTCCCTCAGCTTGCTCTTGAACTACTGCGGCAAGAAGCTTCCCTCTGGCTTCCAATGCGCATAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791037.1
MSPKDTLKLGVCADLLNDLVHLVVGTPPKTPCCTLIEGLADLEAAVCLCTAIKAKVLGINLNVPVSLSLLLNYCGKKLPSGFQCA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器