当前解析结果
SmilChr01G002395| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002395 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002395 |
| 描述 | 14 kDa proline-rich protein DC2.15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 41268788 - 41269814 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025051 |
|---|---|
| GeneID | 131025051 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025051 |
| 原始查询 | SmilChr01G002395 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 14 kDa proline-rich protein DC2.15-like |
| 产物 | 14 kDa proline-rich protein DC2.15-like |
| Arabidopsis | AT4G12520 (AT4G12520)Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826864] identity=56.3; qcov=1.01; evalue=2.52e-44; confidence=medium |
| Rice | Os04g0554600 (OsHyPRP07)- identity=61.9; qcov=0.95; evalue=1.14e-41; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2); PF14547 (Hydrophob_seed) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025051 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 1.00000 | XP_057810631.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057810631.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057810631.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810631.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810631.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:41269213 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:41269231 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,C65 |
Chr1:41269249 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,A21,B122,B60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810631.1PF14368
LTP_2 50-140 aa
PF14547
Hydrophob_seed 57-141 aa
PF00234
Tryp_alpha_amyl 58-140 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810631.1 |
Pfam | PF14368 |
LTP_2 | Family | 50 | 140 | 8.6e-07 | 29.7 | Probable lipid transfer |
XP_057810631.1 |
Pfam | PF14547 |
Hydrophob_seed | Domain | 57 | 141 | 2.6e-27 | 95.7 | Hydrophobic seed protein |
XP_057810631.1 |
Pfam | PF00234 |
Tryp_alpha_amyl | Domain | 58 | 140 | 5.7e-17 | 62.4 | Protease inhibitor/seed storage/LTP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。