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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002395

染色体: Chr01 坐标: 41268788-41269814 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002395
名称SmilChr01G002395
描述14 kDa proline-rich protein DC2.15-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向41268788 - 41269814 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025051
GeneID131025051
locus_tag-
NCBI NameLOC131025051
原始查询SmilChr01G002395

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述14 kDa proline-rich protein DC2.15-like
产物14 kDa proline-rich protein DC2.15-like
ArabidopsisAT4G12520 (AT4G12520)
Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826864]
identity=56.3; qcov=1.01; evalue=2.52e-44; confidence=medium
RiceOs04g0554600 (OsHyPRP07)
-
identity=61.9; qcov=0.95; evalue=1.14e-41; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2); PF14547 (Hydrophob_seed)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025051

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 1.00000 XP_057810631.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057810631.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810631.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810631.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810631.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:41269213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:41269231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C65
Chr1:41269249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A21,B122,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810631.1
141 aa
N
1
70
141
LTP_2
Hydrophob_seed
Tryp_alpha_amyl
C
PF14368 LTP_2 50-140 aa PF14547 Hydrophob_seed 57-141 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 58-140 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810631.1 Pfam PF14368 LTP_2 Family 50 140 8.6e-07 29.7 Probable lipid transfer
XP_057810631.1 Pfam PF14547 Hydrophob_seed Domain 57 141 2.6e-27 95.7 Hydrophobic seed protein
XP_057810631.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 58 140 5.7e-17 62.4 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954648.1
ACACTCTTAATTTACTCTGTATTTCAGACATTGAAATGTCTCAAGCAAAGATAATTTAGACAAAGCCATAGTCATGGAATCGAGCAAAGGAACACGGCAATTTGCAATCCTTATACTCACATGCATCCAAAACTTTGCCAAACCTATGCTACATGTTGTGCCAGCTACAATCCACCACTCTCAAAATTTATTCATCATTCACCTTAAGAATAAGTATCTTTCTCTACCCTATAAAAACCCCATTTCTTGCATCAAATTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025051
ATGGGTTCCAATAAAACCACATCAATTGCCCTTTTCTTAGTGCTAAACCTTGTATTCTTCACTCTTTCTAGTGCATGTGGCTCTTGCCCTACTCCCAAACCAAAGCCGCCGCCGCCACCACCTAAGCCGACTCCATGCCCTCCGCCCCCGGCCACCCCGAGCAAGGCCACTTGCCCTAGGGATACCCTAAAACTAGGTGTATGTGCTGATTTGCTTGGTGGGTTGATTGGTGTCACAATTGGAACTCCTCCAAAAACTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810631.1
MGSNKTTSIALFLVLNLVFFTLSSACGSCPTPKPKPPPPPPKPTPCPPPPATPSKATCPRDTLKLGVCADLLGGLIGVTIGTPPKTPCCTLLEGLADLEAAVCLCTAIKANVLGINLNVPVSLSLLLNVCSKKVPKGFKCA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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