当前解析结果
SmilChr01G002401| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002401 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002401 |
| 描述 | probable pectin methylesterase CGR2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 41357291 - 41358965 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025084 |
|---|---|
| GeneID | 131025084 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025084 |
| 原始查询 | SmilChr01G002401 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable pectin methylesterase CGR2 |
| 产物 | probable pectin methylesterase CGR2 |
| Arabidopsis | AT3G49720 (AT3G49720)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824134] identity=57.1; qcov=1; evalue=3.42e-52; confidence=high |
| Rice | Os01g0144000- identity=47.5; qcov=0.979; evalue=1.63e-36; confidence=medium |
| GO | GO:0008168 (methyltransferase activity); GO:0045488 (pectin metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025084 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057810673.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057810673.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057810673.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810673.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810673.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:41357738 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr1:41357769 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,C10 |
Chr1:41358562 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr1:41358650 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B126,B9,B95,C44 |
Chr1:41358650 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,B9,B95,C44 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。