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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002404`

染色体: Chr01 坐标: 41395907-41396679 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002404`
名称	SmilChr01G002404
描述	splicing factor 3B subunit 6-like protein
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	41395907 - 41396679 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025117`
GeneID	`131025117`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025117`
原始查询	`SmilChr01G002404`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	splicing factor 3B subunit 6-like protein
产物	splicing factor 3B subunit 6-like protein
Arabidopsis	`AT5G12190` (AT5G12190) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831092] identity=87.9; qcov=0.984; evalue=9.58e-77; confidence=high
Rice	`Os03g0811700` - identity=85.8; qcov=0.952; evalue=6e-74; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF13893 (RRM_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025117

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057810718.1`
2	Nucleolus	核仁	0.60000	`XP_057810718.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057810718.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057810718.1`
5	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057810718.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:41396094`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	B107,B131,B36,C25,C27,C30,C43,C52,C55,C62,C79
`Chr1:41396199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C32
`Chr1:41396211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,D9
`Chr1:41396244`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,C11,C3,C50
`Chr1:41396257`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B67
`Chr1:41396260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810718.1

126 aa

126

RRM_5

RRM_1

PF13893 RRM_5 18-98 aa PF00076 RRM_1 22-88 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810718.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	18	98	1.1e-07	32.3	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057810718.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	22	88	2.1e-18	66.7	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954735.1
AAGGGCGGGCCGCGCCTTGTAGAACGGGCCTCCGCTGTGCCGAAAAAATGCTACCAATCAGCGATTTCACTCTTGATATCTAAACAGCAAGGGTTCTACTCAGCTATCAAACGAAAAATCCCAATATAATTTGAGACGTAACCTAATTCCCAAATCCTCTTCCAATGGCCGCAGCAATCAGCCTCCGCAAAGGCAACACCCGCCTCCCGCCCGAGGTGAACCGCGTGCTCTACGTGCGGAACCTTCCGTTCAACATCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025117
ATGGCCGCAGCAATCAGCCTCCGCAAAGGCAACACCCGCCTCCCGCCCGAGGTGAACCGCGTGCTCTACGTGCGGAACCTTCCGTTCAACATCACGAGCGAGGAGATGTACGACATCTTCGGCAAGTACGGCGCGATACGGCAGATCCGCATTGGCACGAACAAGGACACTCGCGGCACCGCCTTCGTTGTGTACGAGGATATCTATGACGCCAAGACCGCCGTCGACCACCTCTCCGGCTTCAACGTCGCGAACCGGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810718.1
MAAAISLRKGNTRLPPEVNRVLYVRNLPFNITSEEMYDIFGKYGAIRQIRIGTNKDTRGTAFVVYEDIYDAKTAVDHLSGFNVANRYLIVLYYQQAKMGKKFDQKKKEEEIQKLQEKYGISTPKDK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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