当前解析结果
SmilChr01G002438| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002438 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002438 |
| 描述 | enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 41963510 - 41967310 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025406 |
|---|---|
| GeneID | 131025406 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025406 |
| 原始查询 | SmilChr01G002438 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal-like |
| 产物 | enoyl-CoA hydratase 2%2C peroxisomal-like |
| Arabidopsis | AT1G76150 (ECH2)enoyl-CoA hydratase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843947] identity=62.2; qcov=0.987; evalue=1.72e-146; confidence=high |
| Rice | Os09g0544900- identity=61.2; qcov=1; evalue=5.06e-141; confidence=high |
| GO | GO:0005777 (peroxisome) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01575 (MaoC_dehydratas); PF22622 (MFE-2_hydrat-2_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025406 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 1.00000 | XP_057811139.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811139.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811139.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811139.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811139.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:41963926 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B47,C26 |
Chr1:41966734 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B33,C25,D3 |
Chr1:41966779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,B32,C16,C55,C65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811139.1PF22622
MFE-2_hydrat-2_N 22-155 aa
PF01575
MaoC_dehydratas 194-294 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811139.1 |
Pfam | PF22622 |
MFE-2_hydrat-2_N | Domain | 22 | 155 | 2.1e-35 | 122.1 | MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain |
XP_057811139.1 |
Pfam | PF01575 |
MaoC_dehydratas | Domain | 194 | 294 | 7.6e-24 | 84.4 | MaoC like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。