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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002443

染色体: Chr01 坐标: 42010068-42015034 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002443
名称SmilChr01G002443
描述hsp70-Hsp90 organizing protein 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向42010068 - 42015034 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025487
GeneID131025487
locus_tag-
NCBI NameLOC131025487
原始查询SmilChr01G002443

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hsp70-Hsp90 organizing protein 1-like
产物hsp70-Hsp90 organizing protein 1-like
ArabidopsisAT4G12400 (Hop3)
stress-inducible protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826849]
identity=71; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0644100
-
identity=70.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0051879 (Hsp90 protein binding)
KEGG-
PfamPF00515 (TPR_1); PF07719 (TPR_2); PF13181 (TPR_8); PF13414 (TPR_11); PF13424 (TPR_12); PF13431 (TPR_17); PF13432 (TPR_16); PF17830 (STI1-HOP_DP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811267.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057811267.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811267.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057811267.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811267.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:42010386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:42010419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:42010533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr1:42010686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:42010813 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A23,B55,B56,B70
Chr1:42010813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B55,B56,B70
Chr1:42010866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B132,B20,B26,C83
Chr1:42010909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:42010911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,C16,C55
Chr1:42011121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:42011176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C37,D10
Chr1:42011181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,C56,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811267.1
585 aa
N
1
292
585
TPR_8
STI1-HOP_DP
TPR_8
TPR_11
TPR_8
TPR_12
TPR_1
TPR_2
TPR_16
TPR_11
TPR_17
TPR_1
TPR_8
TPR_1
TPR_8
STI1-HOP_DP
C
PF13181 TPR_8 73-103 aa PF17830 STI1-HOP_DP 138-191 aa PF13181 TPR_8 264-289 aa PF13414 TPR_11 264-305 aa PF13181 TPR_8 293-319 aa PF13424 TPR_12 294-363 aa PF00515 TPR_1 402-429 aa PF07719 TPR_2 402-429 aa PF13432 TPR_16 402-453 aa PF13414 TPR_11 403-444 aa PF13431 TPR_17 419-444 aa PF00515 TPR_1 430-463 aa PF13181 TPR_8 431-462 aa PF00515 TPR_1 465-497 aa PF13181 TPR_8 466-497 aa PF17830 STI1-HOP_DP 526-577 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811267.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 73 103 1e-28 97.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF17830 STI1-HOP_DP Domain 138 191 2.3e-38 130.6 STI1/HOP, DP domain
XP_057811267.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 264 289 1e-28 97.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 264 305 2.1e-34 117.6 TPR repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 293 319 1e-28 97.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 294 363 6.3e-22 78.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 402 429 3.8e-59 195.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 402 429 3e-46 152.4 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 402 453 6.9e-17 62.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 403 444 2.1e-34 117.6 TPR repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13431 TPR_17 Repeat 419 444 3.2e-26 90.1 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 430 463 3.8e-59 195.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 431 462 1e-28 97.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 465 497 3.8e-59 195.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 466 497 1e-28 97.7 Tetratricopeptide repeat
XP_057811267.1 Pfam PF17830 STI1-HOP_DP Domain 526 577 2.3e-38 130.6 STI1/HOP, DP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955284.1
ATTTGTTTTTTTGAAGGCAGTATGAATTGTTACTACTATTCAATAACTAGGTCGAAACTCGTTCCGATCTTTCTAGAAGCGCTTTCAACCCCAGCAAGAGGAGGTCTCATTCTCGTCGTCTCTCCAACTCTTTCTCACTTACTACAACCACAGTCTTCGTTTTCATCTTCCCCAATTATTTCCTGTTTCCTTAACCCAATTTTGCATCTCATCATTCCCCAAATCACAAAACCCTAATTAATTATCAATGGCCGACGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025487
ATGGCCGACGAAGCCAAGGCAAAAGGAAACGCCGCCTTCTCCGCCGGCAACTTCACCGACGCCGTCCGCCACTTCACCGATGCAATCAACCTAGCCCCCACCAACCACGTCCTTTATTCAAACCGATCCGCCGCCTATGCTTCCCTCAACCAATTCTCTGAAGCTCTTTCCGACGCAGAGAAGACCGTCGAGCTCAAGGCCGACTGGGGCAAAGGCTACTCGCGGCTGGGCGCGGCGCATATTGGCCTCCAAAGCTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811267.1
MADEAKAKGNAAFSAGNFTDAVRHFTDAINLAPTNHVLYSNRSAAYASLNQFSEALSDAEKTVELKADWGKGYSRLGAAHIGLQSYNDAVSAYRKGLEIDPNNEALKSGLADAEAALARSSRARPGPGLSPFGEAFGPEMWVKLSSDPTTREFLQQPDFVKMMQDIQKNPNNLNLYLKDHRVMQALGALMNFKFQSRGPEEGAEAASASGDGSPERKSNSEAAEAEPVKEDRRQEKEVEAATIAEEEKEKKGMKEQAQKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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