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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002445

染色体: Chr01 坐标: 42041056-42044875 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002445
名称SmilChr01G002445
描述hsp70-Hsp90 organizing protein 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向42041056 - 42044875 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025494
GeneID131025494
locus_tag-
NCBI NameLOC131025494
原始查询SmilChr01G002445

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hsp70-Hsp90 organizing protein 3-like
产物hsp70-Hsp90 organizing protein 3-like
ArabidopsisAT4G12400 (Hop3)
stress-inducible protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826849]
identity=73.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0644100
-
identity=72.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0051879 (Hsp90 protein binding)
KEGG-
PfamPF00515 (TPR_1); PF07719 (TPR_2); PF13181 (TPR_8); PF13414 (TPR_11); PF13432 (TPR_16); PF17830 (STI1-HOP_DP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057811275.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811275.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057811275.1
4 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057811275.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811275.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:42041350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B113,C37,D10,D7
Chr1:42041380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,C37,C56,C9
Chr1:42041467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B55,C7,C74
Chr1:42041507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr1:42041509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B55,C7,C74
Chr1:42041517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr1:42041552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B139,B80,C72
Chr1:42041561 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 3 A22,A25,B71
Chr1:42041561 T TGC 2bp_insertion CDS_variant 3 A22,A25,B71
Chr1:42041589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:42041607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B22
Chr1:42041609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811275.1
578 aa
N
1
289
578
TPR_16
TPR_8
STI1-HOP_DP
TPR_8
TPR_11
TPR_8
TPR_1
TPR_2
TPR_16
TPR_11
TPR_1
TPR_8
STI1-HOP_DP
C
PF13432 TPR_16 7-67 aa PF13181 TPR_8 72-103 aa PF17830 STI1-HOP_DP 136-188 aa PF13181 TPR_8 257-282 aa PF13414 TPR_11 257-298 aa PF13181 TPR_8 286-312 aa PF00515 TPR_1 395-422 aa PF07719 TPR_2 395-422 aa PF13432 TPR_16 395-446 aa PF13414 TPR_11 396-437 aa PF00515 TPR_1 458-490 aa PF13181 TPR_8 459-490 aa PF17830 STI1-HOP_DP 519-570 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811275.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 7 67 1.1e-19 71.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 72 103 3.2e-26 89.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF17830 STI1-HOP_DP Domain 136 188 8.2e-37 125.6 STI1/HOP, DP domain
XP_057811275.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 257 282 3.2e-26 89.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 257 298 5.4e-38 129.1 TPR repeat
XP_057811275.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 286 312 3.2e-26 89.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 395 422 7.8e-59 194.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 395 422 8.3e-47 154.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 395 446 1.1e-19 71.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF13414 TPR_11 Repeat 396 437 5.4e-38 129.1 TPR repeat
XP_057811275.1 Pfam PF00515 TPR_1 Repeat 458 490 7.8e-59 194.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 459 490 3.2e-26 89.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057811275.1 Pfam PF17830 STI1-HOP_DP Domain 519 570 8.2e-37 125.6 STI1/HOP, DP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955292.1
CTGTTGATCCTTTTGATAATTGTTAGTACAATAGATTAATCTGGATGCAAAATATGGCAAGACGTAACCCAATGCAAGCGTCGTAGATGCACCCGAATGGGCTCGTCTTCTCCCGAAGGTTCGAGAAACCCTTCACCTTCCACCAAAACTCCTTGAAATCTCCCGTCATCTCTCCTTCCCAATCTCATTCATAGATTACACCTTAATCTCCAACATTCCGAAATTCCCAATGGCCGACGAAGCCAAAGCCAAAGGCAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025494
ATGGCCGACGAAGCCAAAGCCAAAGGCAACGCCGCCTTCTCCGCGGGCAAGTTTGACGACGCCGTCCGCCACTTCACCGACGCGATCAACTTAGCCCCCACTAACCACGTCCTCTACTCCAACCGCTCCGCCGCCTACGCCTCTCTCAATAGATTCTCCGACGCCCTCTCCGACGCGCAGAAGACCGTCGACCTCAAGCCCGACTGGCCCAAGGGCTACTCCCGCCTCGGCGCCGCGCACATGGGCCTCCACAGCTACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811275.1
MADEAKAKGNAAFSAGKFDDAVRHFTDAINLAPTNHVLYSNRSAAYASLNRFSDALSDAQKTVDLKPDWPKGYSRLGAAHMGLHSYADAVSAYKKGLEIDPSNDGLKSGLADAENALARSSRPGSGGSPFGEAFGPEMWVRLASDPSTREYLQQPDFVKMMQDMQKNPNNLNLYLKDQRVMQALGVLLNIKFQAREDTEMASNGSPERKRPAEADPVKEEKRPEREPETEPEPMDVSEEEREKRERKAQAQKEKEAGNAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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