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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002450

染色体: Chr01 坐标: 42095320-42108801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002450
名称SmilChr01G002450
描述red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向42095320 - 42108801 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025537
GeneID131025537
locus_tag-
NCBI NameLOC131025537
原始查询SmilChr01G002450

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic
产物red chlorophyll catabolite reductase%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G37000 (ACD2)
accelerated cell death 2 (ACD2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829854]
identity=54; qcov=1; evalue=9.31e-96; confidence=high
RiceOs10g0389200 (OsRCCR1)
-
identity=43.8; qcov=0.993; evalue=4.02e-77; confidence=medium
GOGO:0009507 (chloroplast); GO:0015996 (chlorophyll catabolic process); GO:0051743 (red chlorophyll catabolite reductase activity)
KEGGsmil00860 (Porphyrin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF06405 (RCC_reductase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057811320.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811348.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811348.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057811316.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811348.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:42106864 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 8 A18,B110,B124,B6,B8,B88,C22,C67
Chr1:42106957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B122,B129,B2,C83
Chr1:42107107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C74
Chr1:42107109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,C37,D10,D11
Chr1:42107898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B12,B121,C16,C55
Chr1:42107929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:42107934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C55
Chr1:42107982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C11,C69
Chr1:42108033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B6,C32,C68
Chr1:42108036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:42108070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C74
Chr1:42108093 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 A23,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811316.1
321 aa
N
1
160
321
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 65-317 aa
XP_057811320.1
310 aa
N
1
155
310
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 54-306 aa
XP_057811326.1
310 aa
N
1
155
310
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 54-306 aa
XP_057811331.1
310 aa
N
1
155
310
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 54-306 aa
XP_057811335.1
310 aa
N
1
155
310
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 54-306 aa
XP_057811340.1
310 aa
N
1
155
310
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 54-306 aa
XP_057811345.1
310 aa
N
1
155
310
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 54-306 aa
XP_057811348.1
274 aa
N
1
137
274
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 18-270 aa
XP_057811354.1
274 aa
N
1
137
274
RCC_reductase
C
PF06405 RCC_reductase 18-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811316.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 65 317 4.5e-112 374.1 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811320.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 54 306 4e-112 374.2 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811326.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 54 306 4e-112 374.2 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811331.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 54 306 4e-112 374.2 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811335.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 54 306 4e-112 374.2 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811340.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 54 306 4e-112 374.2 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811345.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 54 306 4e-112 374.2 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811348.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 18 270 2.7e-112 374.8 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)
XP_057811354.1 Pfam PF06405 RCC_reductase Domain 18 270 2.7e-112 374.8 Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955333.1
TGGAGTTGGAGGCGCGCTATCAACGAGGAGTAGGACGGTAGCATATGCTTCTCCGATGTCTTGCAATTCTCGATTCTACTTCAAATATCTGCATTGTACATTTTCCACTGATTACTACTCCAAGAAGTCAGTTCTCAGCTTCAAGAGGTCAATTCCGTTGCTCATCAGCAGCTAATTCGAATGCCATGGATTCTGGCAAAGTGAAATTCATGGAATTCCCTTATGCATCTGCTCCCACCAAAAAGCTGATGGTGGAGCTG...
XM_057955343.1
GCCGGCGTCGTCGGCCCGCCGCCCTCCCGGCTCCCGTGAAGGCACCCTCCTCAATTCGAACCCGACCCCCGCTGCAGCAAACGGTGACGCTCAGACGTGAGACGCCCATTCGGCCTTCGCTCGTCTCCGACTCCAAGCTCCGGCGGCGGCACTGTAGCGGTCCCAGCGTCCCTCACCGGCGCACCCAGCAGTTGAGGAGTTTGGCATGAGAGAAATTTAATTAGATAGATTTTTTATTACTTACATAAGTTTTTTTGTGT...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131025537
ATGCTTCTCCGATGTCTTGCAATTCTCGATTCTACTTCAAATATCTGCATTGTACATTTTCCACTGATTACTACTCCAAGAAGTCAGTTCTCAGCTTCAAGAGGTCAATTCCGTTGCTCATCAGCAGCTAATTCGAATGCCATGGATTCTGGCAAAGTGAAATTCATGGAATTCCCTTATGCATCTGCTCCCACCAAAAAGCTGATGGTGGAGCTGTTTTCATCTGTGGAAGAGCAGCTTGGATCCTCACTGCACCCAAG...
LOC131025537
ATGGCTGCCAGCTGCATTGTACATTTTCCACTGATTACTACTCCAAGAAGTCAGTTCTCAGCTTCAAGAGGTCAATTCCGTTGCTCATCAGCAGCTAATTCGAATGCCATGGATTCTGGCAAAGTGAAATTCATGGAATTCCCTTATGCATCTGCTCCCACCAAAAAGCTGATGGTGGAGCTGTTTTCATCTGTGGAAGAGCAGCTTGGATCCTCACTGCACCCAAGTTGTACTTTAGCCCCTGACGTACAATATTTTGG...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057811316.1
MLLRCLAILDSTSNICIVHFPLITTPRSQFSASRGQFRCSSAANSNAMDSGKVKFMEFPYASAPTKKLMVELFSSVEEQLGSSLHPSCTLAPDVQYFGNPTDTAHASLHIRSGLPSSQIDFVLGSWIHCQLPSGGALNITSLSAYLTPSTDAPHFLLELIQSSPTSLVLILDLTPRKDLILYPDYLNRYYEDTQLDRHRQRLQMLPEVRPYISPSLYIRAVVSPTAIVVTIDTGATESKTIEQIIEDDVSPIAKDLLRFW...
XP_057811320.1
MAASCIVHFPLITTPRSQFSASRGQFRCSSAANSNAMDSGKVKFMEFPYASAPTKKLMVELFSSVEEQLGSSLHPSCTLAPDVQYFGNPTDTAHASLHIRSGLPSSQIDFVLGSWIHCQLPSGGALNITSLSAYLTPSTDAPHFLLELIQSSPTSLVLILDLTPRKDLILYPDYLNRYYEDTQLDRHRQRLQMLPEVRPYISPSLYIRAVVSPTAIVVTIDTGATESKTIEQIIEDDVSPIAKDLLRFWIESCACCGRDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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