当前解析结果
SmilChr01G002479| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002479 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002479 |
| 描述 | germin-like protein subfamily 1 member 20 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 42529408 - 42529857 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008302 |
|---|---|
| GeneID | 131008302 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008302 |
| 原始查询 | SmilChr01G002479 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | germin-like protein subfamily 1 member 20 |
| 产物 | germin-like protein subfamily 1 member 20 |
| Arabidopsis | AT5G39190 (GER2)germin-like protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833914] identity=57.3; qcov=0.814; evalue=7.8e-33; confidence=medium |
| Rice | Os02g0491600 (OsGLP2-1)- identity=57.5; qcov=0.678; evalue=3.71e-24; confidence=medium |
| GO | GO:0005618 (cell wall) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008302 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057791174.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057791174.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791174.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791174.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791174.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:42529435 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 65 | A16,A19,A20,A3,A6,A7,A9,B100,B106,B11,B119,B12,B127,B139,B140,B17,B18,B23,B29,B35,B38,B39,B40,B46,B48,B5,B52,B55,B59,B69,B7,B75,B76,B83,B84,B88,B89,B91,B97,B98,C11,C16,C19,C22,C30,C33,C38,C40,C44,C45,C48,C5,C52,C55,C58,C62,C69,C7,C71,C72,C73,C75,D5,D7,D8 |
Chr1:42529573 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B126,B28,B37,B42,B43,B60,B94,B99,C35,C6,C63,C67,C70 |
Chr1:42529730 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 37 | A10,A15,A24,A6,B103,B106,B111,B114,B118,B122,B135,B137,B138,B27,B28,B3,B37,B60,B62,B63,B79,B80,B86,B98,C20,C21,C27,C37,C4,C43,C48,C51,C56,C77,C79,C84,D1 |
Chr1:42529791 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B13 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。