Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002487`

染色体: Chr01 坐标: 42601236-42602303 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002487`
名称	SmilChr01G002487
描述	uncharacterized SmilChr01G002487
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	42601236 - 42602303 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025812`
GeneID	`131025812`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025812`
原始查询	`SmilChr01G002487`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ankyrin repeat/KH domain protein (DUF1442) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819144]; symbol=AT2G45360; hit=AT2G45360; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ankyrin repeat/KH domain protein (DUF1442) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819144]; symbol=AT2G45360; hit=AT2G45360; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G45360` (AT2G45360) ankyrin repeat/KH domain protein (DUF1442) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819144] identity=57.3; qcov=1.04; evalue=3.91e-76; confidence=high
Rice	`Os02g0455400` - identity=44.6; qcov=1.07; evalue=1.21e-37; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07279 (DUF1442)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025812

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811585.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811585.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057811585.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811585.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811585.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:42601670`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B7
`Chr1:42601916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B135,B48,C8,D2
`Chr1:42601968`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C28
`Chr1:42601971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr1:42602037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C28,C65
`Chr1:42602046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B137,B19,C74
`Chr1:42602125`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811585.1

209 aa

104

209

DUF1442

PF07279 DUF1442 1-209 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811585.1`	Pfam	`PF07279`	DUF1442	Family	1	209	5.1e-88	294.8	Protein of unknown function (DUF1442)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955602.1
AATGGGATGATAATCAGATTAAGCGATCAACAGGATAAGAGCAGAGGCAGATTCCGCACGAAATCCCATTTCTCCACGTTAGATTTTGCTGTCACTATTAATTCTCATTTCTCTTCCAACTTCATTTCTAAAACCTAATTTCTATTTTGAGAGCTAAACTTCAACACCAACACAAAAGCCACAACTAAAACTGCCTTTCAAAATGAAGCTCGTTTGGTCACCGGAGACGGCGTCAAAAGCTCTCATCGACACCGTCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025812
ATGAAGCTCGTTTGGTCACCGGAGACGGCGTCAAAAGCTCTCATCGACACCGTCAAATCTTGCGAAATCTTCGACGAATCAAGCGCGGCGGAGCTGGTCTCGGCCATGGCGGCCGGGTGGAACGCGCAGCTGCTGGTGGAGACGTGGCGGAGGGGCGGGCCCATCGCCGCCAGCGTCGGCCTGTCGGTGGCGGCGCAGCACAGCGGAGGGAGGCATATCTGCGTGGTGGCCGACGAGGAGTCCAAGGCGGAGTACGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811585.1
MKLVWSPETASKALIDTVKSCEIFDESSAAELVSAMAAGWNAQLLVETWRRGGPIAASVGLSVAAQHSGGRHICVVADEESKAEYVEAMRESGRAAEVVVGSPEEAMEGLEGIDFLVADWRRNDLTRILRAARLGHRGAVVVCKNATSTAVDEFRWRQGKLRIVRSVFLPVGNGLHIAHVGAAAAAGKGQSRWIKHIDRRSGEEIVFRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器