Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002496

染色体: Chr01 坐标: 42756988-42761406 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002496
名称SmilChr01G002496
描述methylsterol monooxygenase 1-1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向42756988 - 42761406 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025862
GeneID131025862
locus_tag-
NCBI NameLOC131025862
原始查询SmilChr01G002496

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methylsterol monooxygenase 1-1-like
产物methylsterol monooxygenase 1-1-like
ArabidopsisAT4G12110 (SMO1-1)
sterol-4alpha-methyl oxidase 1-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826819]
identity=72.7; qcov=0.964; evalue=2.83e-166; confidence=high
RiceOs10g0545200 (OsGL1-10)
-
identity=68.5; qcov=0.97; evalue=7.39e-150; confidence=high
GOGO:0000254 (C-4 methylsterol oxidase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016126 (sterol biosynthetic process)
KEGGsmil00100 (Steroid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04116 (FA_hydroxylase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025862

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057811632.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057811632.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811632.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811632.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811632.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811632.1
304 aa
N
1
152
304
FA_hydroxylase
C
PF04116 FA_hydroxylase 132-265 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811632.1 Pfam PF04116 FA_hydroxylase Domain 132 265 3.8e-28 99.3 Fatty acid hydroxylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955649.1
AATGCAAAAATAAAAAGGTAAAAAGGGTGGTGTCACTGTCCATGTTCTCCAAATTCTCTCCTAGTATTTGTCGTCCATGAGCATTAAGCAGCCACCACCTCATAAATCGGAGTAACAAACAAACACCTGCCCAAGTTTCACATCCCAGCTGAATCCACACACTGTCACACTTTGTCCGCATCGCCATCGCCAATGTTGCCTTACGCCACCATCCACGACGCCCAAACCGCTCTCGGCAGATCCCTCACGGCTGCCGAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025862
ATGTTGCCTTACGCCACCATCCACGACGCCCAAACCGCTCTCGGCAGATCCCTCACGGCTGCCGAGACCCTCTGGTTCAATTACTCCGCCACCAAGTCCGATTACATCCTCTACTGCCACAACATCATCTTCCTCTTCCTCATCTTCTCCCTCTTCCCCTTCTACTACCTCTTCCTCGAATACTTTTTCACCAATTCCGTCGACCCTTTCAAAATCCAGCCCAAAGTCAGGCTCTCCTTCTCCGACACCCTCCGCTGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811632.1
MLPYATIHDAQTALGRSLTAAETLWFNYSATKSDYILYCHNIIFLFLIFSLFPFYYLFLEYFFTNSVDPFKIQPKVRLSFSDTLRCYKSVMRMFFLIVGPLQLVSYPSVQIIGIRTSLPLPSFWEIALQLGVYFLVEDYTNYWVHRFLHCKWGYEKIHKVHHEYTAPIGFAAPYAHWAEILILGIPSFLGPAMVPGHMITFWLWIALRQIEAIETHSGYDFPWTPTKYIPFYGGPDYHDYHHYVGGQSQSNFASVFTYCD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器