Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002508`

染色体: Chr01 坐标: 42964801-42967762 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002508`
名称	SmilChr01G002508
描述	ACT domain-containing protein ACR8
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	42964801 - 42967762 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025949`
GeneID	`131025949`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025949`
原始查询	`SmilChr01G002508`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ACT domain-containing protein ACR8
产物	ACT domain-containing protein ACR8
Arabidopsis	`AT1G12420` (ACR8) ACT domain repeat 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837798] identity=65.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0118100` - identity=55.9; qcov=1.04; evalue=1.58e-168; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01842 (ACT); PF13740 (ACT_6); PF24931 (ACT_ACR9_3rd); PF26956 (ACT_ACR_D1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811712.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811712.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057811712.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811712.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811712.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:42965313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr1:42965326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr1:42965430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,D3
`Chr1:42965466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr1:42965702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:42966149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr1:42966700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811712.1

433 aa

216

433

ACT_ACR_D1

ACT

ACT_6

ACT_ACR9_3rd

ACT

PF26956 ACT_ACR_D1 29-105 aa PF01842 ACT 115-162 aa PF13740 ACT_6 117-154 aa PF24931 ACT_ACR9_3rd 230-308 aa PF01842 ACT 242-302 aa PF01842 ACT 321-380 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811712.1`	Pfam	`PF26956`	ACT_ACR_D1	Domain	29	105	5.1e-48	161.5	ACR family N-terminal ACT domain
`XP_057811712.1`	Pfam	`PF01842`	ACT	Domain	115	162	5.9e-35	119.3	ACT domain
`XP_057811712.1`	Pfam	`PF13740`	ACT_6	Domain	117	154	7.2e-08	32.9	ACT domain
`XP_057811712.1`	Pfam	`PF24931`	ACT_ACR9_3rd	Domain	230	308	4.4e-21	75.5	ACR9-like, ACT-like domain
`XP_057811712.1`	Pfam	`PF01842`	ACT	Domain	242	302	5.9e-35	119.3	ACT domain
`XP_057811712.1`	Pfam	`PF01842`	ACT	Domain	321	380	5.9e-35	119.3	ACT domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955729.1
AAAAGGCAGAGCATTAATAAATTTTTGTTTTAAAAAAAAACAATATATAAATACCCCTCTCCCCTCCACTAGGGAGAGAGGGAATTAGACCGAAGTAAAAGGCATGCAGTGTGTTGTGTCAATGTTTTAGAGAGAGAAAACCAAAACGCGCTCCCGCCTTTCTAGAGAGATAAACAACAGGCGAGATTTTCCCACTGCTACAGTCGCTTTTTTGGGTGTTTGTTTTCAGAGGTTTGGGCTGTGTGAAATATGGAGTGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025949
ATGGAGTGGCCGACGTATTTGGATGAATATGAAAAGCTTCTTATTCGAATGTCTACGCCGAGGGTCATGATCGACAATGCGGGATGCTCCAACGCGACACGCGTCACGATCGATAGTGCTAGGAAGCACGGAATTCTTCTGGAAGCTATTCAGGTTTTGACGGATTTGAATCTGTCAATTAAGAAGGCTTACATTTGCTCCGACGGGCGGTGGTTCATGGACGTTTTTCACGTGACCGATTTGAACGGAAACAAATTAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811712.1
MEWPTYLDEYEKLLIRMSTPRVMIDNAGCSNATRVTIDSARKHGILLEAIQVLTDLNLSIKKAYICSDGRWFMDVFHVTDLNGNKLTDESVLGCIEESLETVHYGRSKSIDGLTALELTGTDRVGLLSEVFAVLSNLQCNVVDAKVWTHNGRIASLIYLKDDDSGCPVEDSEKLEKMEGMLRNVLRGDNDIRSAKTSVSLAVTHTERRLHQMMFADRDYDGNVCGDAPVVLVQNYLEKDYSVVSIHCKDRNKLLFDVVCT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器