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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002534

染色体: Chr01 坐标: 43343102-43360553 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002534
名称SmilChr01G002534
描述uncharacterized SmilChr01G002534
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向43343102 - 43360553 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026335
GeneID131026335
locus_tag-
NCBI NameLOC131026335
原始查询SmilChr01G002534

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026335

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812174.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057812174.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057812174.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057812174.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057812174.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:43343174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr1:43343181 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D7
Chr1:43343181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:43343186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C62
Chr1:43343196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B32,B59,C78
Chr1:43343197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C62
Chr1:43343201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr1:43343204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:43343206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C40
Chr1:43343222 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B14,B3,C83
Chr1:43343222 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B14,B3,C83
Chr1:43343226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C4,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102249.1
ATTTGTACTGGATGTCTTCATGTATTTCTCTTGATGCCACATGCCAGCAGAAAAATTTTCAACACACGCTCCACAGTAGCTACTTTAATTCCCTCACACACACACATGTATATGTGTGACATGCATTAATTAATTTATAACTTGAAAAAGATCGAAGAGGATCGCGCGCGGCCACATTAACCATGTCATAAGCCAGATATTCTCCTTCTCAACGTTAATTTGGGAGTAGTGATGGGTTTTCCGGTGGTGTTGCCGCTAGC...
XM_057956191.1
ATTTGTACTGGATGTCTTCATGTATTTCTCTTGATGCCACATGCCAGCAGAAAAATTTTCAACACACGCTCCACAGTAGCTACTTTAATTCCCTCACACACACACATGTATATGTGTGACATGCATTAATTAATTTATAACTTGAAAAAGATCGAAGAGGATCGCGCGCGGCCACATTAACCATGTCATAAGCCAGATATTCTCCTTCTCAACGTTAATTTGGGAGTAGTGATGGGTTTTCCGGTGGTGTTGCCGCTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026335
ATGGCGAGGACTGTTTTCACCCGACGACGACCACTGCCCCCATGGGCTAGTCCAGAGGAGGTCGAGCGGTCCTACCGCACCTATGCTCCATGTCACGGGGATAACCTCGGACAGTTCCTCGCAGGTTTTCACAGACACTGGGTCGAGGCGAGTGCACATGGAGTATCAGGGTATGACGGTATCCAGAGGTTGATCTTACTGTTACCTTCCGAGTGGCAGGGATGGGCTAGACAGATTTCTGGCCACTACATCTTTCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812174.1
MARTVFTRRRPLPPWASPEEVERSYRTYAPCHGDNLGQFLAGFHRHWVEASAHGVSGYDGIQRLILLLPSEWQGWARQISGHYIFRREDYHDLMGDFPSFIAELQICFTLWGRAPLGPYILPGDYVQVGTPLPVETPATAPESPMALPRDPPPRASVLGRRGRHDDETGPSRPRARRDFPSPPDSAIRATATPPPLIPTIDARFEASMADVDRVMANMREFLNRDNYPMQEDDDTAQYGMMRIIRPEPVPPPAPTEPRAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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