Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002552`

染色体: Chr01 坐标: 43616907-43618214 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002552`
名称	SmilChr01G002552
描述	uncharacterized SmilChr01G002552
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	43616907 - 43618214 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026391`
GeneID	`131026391`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026391`
原始查询	`SmilChr01G002552`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389]; symbol=AT4G22900; hit=AT4G22900; species=arabidopsis; confidence=high
产物	transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389]; symbol=AT4G22900; hit=AT4G22900; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G22900` (AT4G22900) transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389] identity=47.3; qcov=1.07; evalue=5.09e-89; confidence=high
Rice	`Os11g0118600` - identity=33.8; qcov=1.05; evalue=1.8e-45; confidence=low
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF06697 (DUF1191)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026391

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057812248.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812248.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812248.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812248.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057812248.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:43617174`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr1:43617235`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B15,B28,B76
`Chr1:43617244`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B15,B28,B51,D9
`Chr1:43617246`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:43617288`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B15,B51,B76,B99
`Chr1:43617319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B15,B28,B51,D9
`Chr1:43617334`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B28,B76,B99
`Chr1:43617368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,C36
`Chr1:43617387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B28,B76,B99,D9
`Chr1:43617419`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B28,B76,B99,D9
`Chr1:43617423`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,B28,B76,B99
`Chr1:43617476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812248.1

298 aa

149

298

DUF1191

PF06697 DUF1191 23-204 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812248.1`	Pfam	`PF06697`	DUF1191	Family	23	204	7.5e-60	202.5	Protein of unknown function (DUF1191)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956265.1
CCTTGAATGGCAGCATTGCCCACTTGATAAGCTAGCATGATATTAGTGGACTATGTTGTACTAATTAAGCATATATAATTCCACAAATAATTGCGATCTCTACTGCTAGACTCAAATGAAACGCCTTCCTAACTAACTAGCCAAAGTTGATCAAATTATAGTGATTACACTCACCTTTTCTCCTAAAAAATTAGAACAGTTCCGCGTGCCTCTCTCTAAAGAAATTAAGCAGTTGCTTGAGAATCTATCAATGGGGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026391
ATGGGGAGCATGGCTGTGATTCTTCTCCTAGTGTTACAATCGTTGAGAATCCAAGGGCAAGAGATCAAATCCGCGCGGCTGCTGGATCTGGTGATCCGCGACTACACATTCAAATCGTACACCAAGAATTTCCGGACAGGCAAGCTCCACAAGATCAACCTGCCGTCGAATCTCTCCGGCATACACGTGGACACGGTGCGCCTGCGCTGCGGCAGCCTCCGCCGCTACGGCGCCACCATCAAAGAGTTCCAGCTGAGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812248.1
MGSMAVILLLVLQSLRIQGQEIKSARLLDLVIRDYTFKSYTKNFRTGKLHKINLPSNLSGIHVDTVRLRCGSLRRYGATIKEFQLRAGTYVHPCAKRVMIIRQNLGSNWSSLYYANYELSGYELISPVLGLLAYNIGAAATELGIQTGMRPITIDFGGAARGNGGGIIPLCARFDEDGKVSLWRQPRANVCVATRQGHFGVVVESPLMPLRRRASKWRMAVGGAIGAALGVFLLSLLAMAVLLKAKKKARMEEMERRAYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器