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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002566

染色体: Chr01 坐标: 43764827-43767173 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002566
名称SmilChr01G002566
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向43764827 - 43767173 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026186
GeneID131026186
locus_tag-
NCBI NameLOC131026186
原始查询SmilChr01G002566

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170-like
ArabidopsisAT4G37170 (AT4G37170)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829871]
identity=59.3; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0235200
-
identity=56.9; qcov=0.843; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057811950.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811950.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811950.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811950.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811950.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:43765175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:43765557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C77,C81
Chr1:43765558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B72,C33,C46
Chr1:43765618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B12,C48
Chr1:43766073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr1:43766146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:43766175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C77,C81
Chr1:43766229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C17
Chr1:43766333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B88,C14,C43,C74,D1
Chr1:43766357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C57
Chr1:43766400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:43766452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811950.1
686 aa
N
1
343
686
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 121-145 aa PF12854 PPR_1 145-172 aa PF01535 PPR 148-175 aa PF01535 PPR 178-206 aa PF01535 PPR 252-278 aa PF13041 PPR_2 277-326 aa PF01535 PPR 280-310 aa PF01535 PPR 353-375 aa PF13041 PPR_2 378-425 aa PF01535 PPR 381-410 aa PF01535 PPR 416-444 aa PF01535 PPR 454-478 aa PF20431 E_motif 496-558 aa PF01535 PPR 519-548 aa PF20430 Eplus_motif 563-590 aa PF14432 DYW_deaminase 594-686 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 121 145 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 145 172 1.3e-32 111.9 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 148 175 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 206 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 278 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 277 326 4.6e-57 190.6 PPR repeat family
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 280 310 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 353 375 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 378 425 4.6e-57 190.6 PPR repeat family
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 381 410 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 416 444 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 454 478 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 496 558 1.8e-21 76.9 E motif
XP_057811950.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 519 548 7.1e-61 199.0 PPR repeat
XP_057811950.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 563 590 1.2e-06 28.8 E+ motif
XP_057811950.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 594 686 2.7e-38 130.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955967.1
GCACAAGCACAACAATGAAGCGAAATCAATTTATTCTTCGAAAATTACTTAGATCCCATTCTTGTTTATATTCTTCCACACCCCATTCCATTCAACCAACAATCTCGCCAAAGCCTTTCTTCCTTCCCTCAGGAGATCATGGGCCATCCCCAAATCGAGATGCCAGTTTCATCGAATCCATCCAACATCTCTGCCAACAGAAACGGTTGAAAGATGTGATTCCATTGCTAGAAAATCAAGTTTGCCCCCCTCCCGTGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026186
ATGAAGCGAAATCAATTTATTCTTCGAAAATTACTTAGATCCCATTCTTGTTTATATTCTTCCACACCCCATTCCATTCAACCAACAATCTCGCCAAAGCCTTTCTTCCTTCCCTCAGGAGATCATGGGCCATCCCCAAATCGAGATGCCAGTTTCATCGAATCCATCCAACATCTCTGCCAACAGAAACGGTTGAAAGATGTGATTCCATTGCTAGAAAATCAAGTTTGCCCCCCTCCCGTGGCTTATTCGAAAATTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811950.1
MKRNQFILRKLLRSHSCLYSSTPHSIQPTISPKPFFLPSGDHGPSPNRDASFIESIQHLCQQKRLKDVIPLLENQVCPPPVAYSKILQLCIEKRALDEGKRVHDHINRSGFKAGAFISNKILELYCKCGSMSNARKLFDEMGEKDLCSWNTLISGYARMGMLLEARELFDGMSERDNFSWTAMISGYVKHKQPAHALELYRLMQRNENLMCNKFTVSSALAASAAMQSLRSGKEIHGRIIRTGLDSDAVVSSALLDVYGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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