Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002567`

染色体: Chr01 坐标: 43767301-43770557 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002567`
名称	SmilChr01G002567
描述	subtilisin-like protease SBT4.3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	43767301 - 43770557 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026196`
GeneID	`131026196`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026196`
原始查询	`SmilChr01G002567`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	subtilisin-like protease SBT4.3
产物	subtilisin-like protease SBT4.3
Arabidopsis	`AT5G59190` (AT5G59190) subtilase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836037] identity=46; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0278950` (OsSub1) - identity=43.8; qcov=1.05; evalue=2.84e-148; confidence=medium
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00082 (Peptidase_S8); PF17766 (fn3_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057811959.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811959.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811959.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811959.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811959.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:43767477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr1:43767710`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B63
`Chr1:43767710`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B63
`Chr1:43768499`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B51,B58,C22,C3
`Chr1:43768606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B114,C70,D11
`Chr1:43768640`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	121	A10,A15,A16,A21,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B1,B101,B106,B108,B109,B112,B113,B114,B118,B120,B122,B123,B124,B127,B130,B133,B137,B139,B18,B19,B20,B21,B28,B3,B30,B31,B33,B38,B39,B4,B48,B49,B50,B51,B54,B55,B57,B6,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B73,B75,B77,B8,B80,B81,B82,B85,B86,B89,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,C1,C10,C14,C16,C19,C20,C24,C27,C28,C29,C31,C32,C34,C40,C41,C44,C46,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C65,C67,C68,C7,C70,C71,C73,C75,C78,C79,C8,C80,C82,C84,C85,C86,D1,D11,D2,D7,D8,D9
`Chr1:43768654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr1:43768672`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B119,C33,C37,C60
`Chr1:43768773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr1:43769120`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B101
`Chr1:43769120`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B101
`Chr1:43769182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B88,C14,C43,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811959.1

641 aa

320

641

Peptidase_S8

fn3_6

PF00082 Peptidase_S8 15-464 aa PF17766 fn3_6 521-620 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811959.1`	Pfam	`PF00082`	Peptidase_S8	Domain	15	464	3.4e-43	148.7	Subtilase family
`XP_057811959.1`	Pfam	`PF17766`	fn3_6	Domain	521	620	3.9e-25	88.6	Fibronectin type-III domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955976.1
ACTGAAAATGCGCAGAATACTATTTATGGAAATCTCTAAACGCTTCCAAAGATTTCCTAGCCTATTATAATATGCGGAGATAACAACTCATTACACATACTATATATGTAGATGTCTATATATACCATACATGTAGTCTTGAGTTACACCTTACATTACTTACCATGACCGTTTCGGTTTTATACACATTATTTCTTGCAGCCCTTGTGCTTGGTTGCCATTGTGATGAAAGGGAGATACACATTGTGTACATGGGCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026196
ATGGGATTCAGCCAGAGCAAGCTTGGAGCTGGCCAGGAAGGAGATGTCATTATTGGACTAATTGACACTGGAGCGTGGCCGGAGCATCCGAGTTTCAACGACACAGGTTACAGCCCTCCACCGGCTAAATGGAAGGGAGCATGTGAAACCACAAATTTCACCTGCAACAACAAGCTCATTGGGGGCCGCTTCTACAACAGCGATGGCCATTACTATGGAAACATGATCCCATCTCCAAGAGACACAGAAGGGCACGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811959.1
MGFSQSKLGAGQEGDVIIGLIDTGAWPEHPSFNDTGYSPPPAKWKGACETTNFTCNNKLIGGRFYNSDGHYYGNMIPSPRDTEGHGTHTATTAGGGEVVGASYLGLAEGVARGGVSNARVAVYKVCGFLICLSVDILKAFDDAIADGVDIISVSLGSFHASDYIYDPIAIGSFHAMKRGVLTSASAGNSGPDPVSVCNVAPWLLSVAASTIDRKFVANLVLGNGLILRGNSINTFDLNGTSFPLIWGGDAVNYTAGSSSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器