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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002577

染色体: Chr01 坐标: 43920157-43922480 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002577
名称SmilChr01G002577
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26900, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向43920157 - 43922480 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026220
GeneID131026220
locus_tag-
NCBI NameLOC131026220
原始查询SmilChr01G002577

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26900, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26900%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G26900 (AT1G26900)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838376]
identity=53.1; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0494350
-
identity=48.4; qcov=0.637; evalue=9.31e-113; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057811989.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811989.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811989.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811989.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811989.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:43920702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:43920917 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B37,B86,C39
Chr1:43920917 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 3 B37,B86,C39
Chr1:43920976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B86,C39,C62
Chr1:43921102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B3,C18
Chr1:43921112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:43921192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:43921404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C37,C39
Chr1:43921536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C61
Chr1:43921574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr1:43921962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B55
Chr1:43921977 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811989.1
575 aa
N
1
288
575
PPR
PPR
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 95-124 aa PF01535 PPR 167-190 aa PF01535 PPR 271-291 aa PF23276 TPR_24 285-392 aa PF13812 PPR_3 292-343 aa PF12854 PPR_1 294-325 aa PF13041 PPR_2 296-343 aa PF01535 PPR 299-327 aa PF01535 PPR 372-398 aa PF13041 PPR_2 397-445 aa PF13812 PPR_3 398-444 aa PF01535 PPR 401-430 aa PF01535 PPR 435-462 aa PF01535 PPR 472-494 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 95 124 2.2e-51 169.3 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 190 2.2e-51 169.3 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 271 291 2.2e-51 169.3 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 285 392 3.8e-09 37.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057811989.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 292 343 5.4e-19 68.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811989.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 294 325 1.3e-33 115.1 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 343 4.9e-51 171.4 PPR repeat family
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 327 2.2e-51 169.3 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 372 398 2.2e-51 169.3 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 397 445 4.9e-51 171.4 PPR repeat family
XP_057811989.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 398 444 5.4e-19 68.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 401 430 2.2e-51 169.3 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 435 462 2.2e-51 169.3 PPR repeat
XP_057811989.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 472 494 2.2e-51 169.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956006.1
CTAGATGACTAGCTATGACCCAACGCTAGAGTCGACTCGGATAACATTTAAATGCAACTTATACGTAACATGATGGTTGGGTCATACATGAGAGCTATAACCCAACCAGCATTTGAATGCAACTTATACATGATGGTGAGGTGACAGAGAAATATGTTTTTGCCCGCCACATGCTCGATAAATTGACTGTGAGAAGTTCCACTTCACACAACTGGAAATCTTTTTGGGTTGGTGAAAATCTCAGCTTATGATCAAAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026220
ATGATCAAAAGAGATATTACGTCGCAATGTTGGCGCAGATTCAAGAACTGGCCCATCAATCACTGCTACTTCACACTTTCCTCAGATTTTGAGCACCAAAATCTCATCTCCCTGCTACAATCATGCGATCAAATCTGCCAAAGTGCTCAAATTCACTGTTTGATGCTCAAGACTGGTCTCGACCGAATCCCATTTCCACTGAGTAAGCTTCTCGCCCAAATCTCTATGCAGGATATCAGCTATGCAGACTCCATCTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811989.1
MIKRDITSQCWRRFKNWPINHCYFTLSSDFEHQNLISLLQSCDQICQSAQIHCLMLKTGLDRIPFPLSKLLAQISMQDISYADSIFKQIKTPNHYMFNTMLRGHSVRSDPQNGLLLFNRMRAENHGFDQFTFVSVLKSCSRLLEIQTGLEVHTCVLKSGFGSVLNVMNALLHFYCVCGKTEDARHLFDEMGMMKDLVSGNTLMGGYLCVKEYALVLDLFKLLCRDSFGVSVTTILSAVSAVGQLLNASMGETIHVFCFKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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