Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002579`

染色体: Chr01 坐标: 43924175-43927226 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002579`
名称	SmilChr01G002579
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 9-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	43924175 - 43927226 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026548`
GeneID	`131026548`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026548`
原始查询	`SmilChr01G002579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 9-like
产物	transcription initiation factor TFIID subunit 9-like
Arabidopsis	`AT1G54140` (TAFII21) TATA binding protein associated factor 21kDa subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841854] identity=66.8; qcov=1.02; evalue=9.1e-74; confidence=high
Rice	`Os03g0408500` - identity=60.8; qcov=0.994; evalue=4.42e-63; confidence=high
GO	GO:0000124 (SAGA complex); GO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0005669 (transcription factor TFIID complex); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0016251 (RNA polymerase II general transcription initiation factor activity); GO:0043966 (GO:0043966); GO:0046982 (protein heterodimerization activity); GO:0051123 (RNA polymerase II preinitiation complex assembly)
KEGG	smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02291 (TFIID-31kDa); PF15630 (CENP-S)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026548

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057812424.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057812424.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812424.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812424.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057812424.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:43925784`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr1:43926879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B6,C14,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812424.1

177 aa

177

TFIID-31kDa

CENP-S

PF02291 TFIID-31kDa 7-126 aa PF15630 CENP-S 14-72 aa

XP_057812432.1

177 aa

177

TFIID-31kDa

CENP-S

PF02291 TFIID-31kDa 7-126 aa PF15630 CENP-S 14-72 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812424.1`	Pfam	`PF02291`	TFIID-31kDa	Domain	7	126	3e-48	163.6	Transcription initiation factor IID, 31kD subunit
`XP_057812424.1`	Pfam	`PF15630`	CENP-S	Domain	14	72	2.5e-07	31.7	CENP-S protein
`XP_057812432.1`	Pfam	`PF02291`	TFIID-31kDa	Domain	7	126	3e-48	163.6	Transcription initiation factor IID, 31kD subunit
`XP_057812432.1`	Pfam	`PF15630`	CENP-S	Domain	14	72	2.5e-07	31.7	CENP-S protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956441.1
TGGAAATTGGCCCAGTGAAAGGAAATAGCCCAACATCTGAAGCCCAAACCCTACCCCTTTCTTCTTCAACACATCAGCGGTTCCCCCTCATCTCAAACTCTCTCCCCCCTTTTCACCAGAAATCTGCCCGCTCCCTCTCGAATCTGCCATCGTGGCTCCTCCTCCGTTGAAGAGCCGACGATCGGCCCTCTCCCTCGCCCCATCTTCTTCTCCCTCGTTTCCCTACCTACAGAAGTCAGCGGCCGCAGCAGCTGGAACCA...

XM_057956449.1
TGGAAATTGGCCCAGTGAAAGGAAATAGCCCAACATCTGAAGCCCAAACCCTACCCCTTTCTTCTTCAACACATCAGCGGTTCCCCCTCATCTCAAACTCTCTCCCCCCTTTTCACCAGAAATCTGCCCGCTCCCTCTCGAATCTGCCATCGTGGCTCCTCCTCCGTTGAAGAGCCGACGATCGGCCCTCTCCCTCGCCCCATCTTCTTCTCCCTCGTTTCCCTACCTACAGAAGTCAGCGGCCGCAGCAGCTGGAACCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131026548
ATGGCGGAGGTGGGAGAAGACGTCATGCCGAAGGATGCAAAGATTGTGAAGGAGTTATTGAAATCAATGGGTGTTGATGACTACGAGCCTCGAGTCGTAAACCAGTTTTTAGAGCTCTGGTATCGATACGTAGTTGATGTTCTCACTGATTCTCACGTGTATGCAGACCATGCTGGGAAGTCTATCATCGACTCTGATGATGTTAAGCTTGCAATTCAGTCCAAAGTGAATTTTAGTTTCTCGCAGCCTCCACCTCGAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057812424.1
MAEVGEDVMPKDAKIVKELLKSMGVDDYEPRVVNQFLELWYRYVVDVLTDSHVYADHAGKSIIDSDDVKLAIQSKVNFSFSQPPPREVLLELARSRNKVPLPKSIAGLGIPLPPEQDTLINPNYQLAIPKRHNTQLPEETEEDEEAANGNSNHDQDRRNLSQGAQRVSFPLGSKQSR

XP_057812432.1
MAEVGEDVMPKDAKIVKELLKSMGVDDYEPRVVNQFLELWYRYVVDVLTDSHVYADHAGKSIIDSDDVKLAIQSKVNFSFSQPPPREVLLELARSRNKVPLPKSIAGLGIPLPPEQDTLINPNYQLAIPKRHNTQLPEETEEDEEAANGNSNHDQDRRNLSQGAQRVSFPLGSKQSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器