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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002593`

染色体: Chr01 坐标: 44041745-44058433 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002593`
名称	SmilChr01G002593
描述	DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44041745 - 44058433 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026059`
GeneID	`131026059`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026059`
原始查询	`SmilChr01G002593`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1
产物	DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1
Arabidopsis	`AT1G63020` (NRPD1A) nuclear RNA polymerase D1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842605] identity=45.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0572600` - identity=37.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0001055 (GO:0001055); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005665 (RNA polymerase II, core complex); GO:0006351 (DNA-templated transcription)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00623 (RNA_pol_Rpb1_2); PF04983 (RNA_pol_Rpb1_3); PF04997 (RNA_pol_Rpb1_1); PF05000 (RNA_pol_Rpb1_4); PF11523 (DUF3223)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026059

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811820.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811820.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811820.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811820.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811820.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44051046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr1:44051289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C17,C37,C52
`Chr1:44052609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr1:44052663`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr1:44053044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:44053934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C48
`Chr1:44054236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B66,B67,B85,C29
`Chr1:44057135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811820.1

1435 aa

718

1435

RNA_pol_Rpb1_1

RNA_pol_Rpb1_2

RNA_pol_Rpb1_3

RNA_pol_Rpb1_4

DUF3223

PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 45-258 aa PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 315-473 aa PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 477-625 aa PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 686-749 aa PF11523 DUF3223 1332-1404 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811820.1`	Pfam	`PF04997`	RNA_pol_Rpb1_1	Domain	45	258	2.5e-10	40.9	RNA polymerase Rpb1, domain 1
`XP_057811820.1`	Pfam	`PF00623`	RNA_pol_Rpb1_2	Domain	315	473	7.9e-31	108.3	RNA polymerase Rpb1, domain 2
`XP_057811820.1`	Pfam	`PF04983`	RNA_pol_Rpb1_3	Domain	477	625	1e-21	78.2	RNA polymerase Rpb1, domain 3
`XP_057811820.1`	Pfam	`PF05000`	RNA_pol_Rpb1_4	Domain	686	749	6.7e-09	36.3	RNA polymerase Rpb1, domain 4
`XP_057811820.1`	Pfam	`PF11523`	DUF3223	Family	1332	1404	6.4e-24	85.0	Protein of unknown function (DUF3223)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955837.1
AAAGAATCAATATCATCATCGCAGTTCGCAAAATCGCAAAGCAACCTCGTCTCGTAAGCGTAGCAGGCAGCTTTTGACGGTTAAACTGCAATGACCCCAATGCCCCTCGGTTCTCGAGTTTACCCTCGATTTCTGCCCTCGCTTTTACCAATTATTTACAATTTTGTCTCCCTATATTTATGTCCTACTTTTTTCCTTAAACCCCCTCATTGATTCCTTCTTCCTAACACACATAGCAGAAATAACATTAACACTCTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026059
ATGGATAATGAGTTGCTTGAAGTTCAGCAAGTTACATCAGGTCGTCTGAAAGGAATTCATTTAAGTATTTTGTCTGATGAAGATGCTGGGAAAATATCAGCAATGGTCATTGGAACAGTCAATGAAGTGTCGGATGCTGCATTGGGGCTCCCTACGATAAATGCTACTGAATGCATTACCTGTGGTGCAAAAAATTTAAGGGACTGTGAAGGGCATTTTGGGTTGATCAACTTCCCATATACAATACTAAATCCTTATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811820.1
MDNELLEVQQVTSGRLKGIHLSILSDEDAGKISAMVIGTVNEVSDAALGLPTINATECITCGAKNLRDCEGHFGLINFPYTILNPYFMSEVAQTLNKICPGCKSLRHSKIKNAHSASSHQPRNCRYCTGKSKDGYPKMKFKVSSKDVFAKTAIIAEVSEALVSKSSQGCLASDYWDILPKDSAQEHSTLPPNKRVLLPAQVYNILKDVSPRTLEDCFRRKNLIFLNSLLVTPNSYRVREFGQRITVDETTKVYRKLIDFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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