Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002611`

染色体: Chr01 坐标: 44341189-44354835 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002611`
名称	SmilChr01G002611
描述	lysophospholipid acyltransferase 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44341189 - 44354835 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985084`
GeneID	`130985084`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985084`
原始查询	`SmilChr01G002611`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysophospholipid acyltransferase 1-like
产物	lysophospholipid acyltransferase 1-like
Arabidopsis	`AT1G12640` (LPLAT1) MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837820] identity=77.3; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0676000` - identity=72.7; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0008654 (phospholipid biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016746 (acyltransferase activity); GO:0019432 (triglyceride biosynthetic process); GO:0030258 (lipid modification)
KEGG	smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00565 (Ether lipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03062 (MBOAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057763842.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057763842.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763842.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763842.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763842.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44349178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B121
`Chr1:44351238`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr1:44351654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr1:44352319`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	39	A10,A13,A2,A20,A25,A4,A9,B106,B111,B112,B133,B27,B28,B3,B33,B34,B41,B42,B44,B47,B48,B52,B57,B6,B71,C10,C14,C18,C2,C36,C41,C45,C51,C56,C59,C70,D1,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763842.1

465 aa

232

465

MBOAT

PF03062 MBOAT 106-409 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763842.1`	Pfam	`PF03062`	MBOAT	Family	106	409	7.9e-67	226.6	MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009088895.1
GAGCTATGTGGAATTGGAAGTAGTAGTTGCGTAGATCTGTGCGTAATAATAATACGCACATTAATTAGATCCTAACAATTGGTCCTTCCCTTCCCTCTAAAGTCTAACCGCTCTGTGTTCTTCCCTTCAAAATCTCTCTCTACAAAATACTCCACTCTGTCTCCTTCCATCCTCGTTCAAGCCGCCGGCGCTTGGCCTTCAACTACAACCACTTCTCCTACTAACCAAATCGCCACTTCTTTGTATACACCTGCCCCCAA...

XR_009088894.1
GAGCTATGTGGAATTGGAAGTAGTAGTTGCGTAGATCTGTGCGTAATAATAATACGCACATTAATTAGATCCTAACAATTGGTCCTTCCCTTCCCTCTAAAGTCTAACCGCTCTGTGTTCTTCCCTTCAAAATCTCTCTCTACAAAATACTCCACTCTGTCTCCTTCCATCCTCGTTCAAGCCGCCGGCGCTTGGCCTTCAACTACAACCACTTCTCCTACTAACCAAATCGCCACTTCTTTGTATACACCTGCCCCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985084
ATGGAGCTGCCGGAGATGGATTCCATGGCGTCCGCGATCGGAGTCTCCGTCCCCGTTCTCCGCTTCATTCTCTGCTTCGTCGTCACCATTCCTGTCAGCTTCCTCCACCGATTTGTCCCCGGCGGCCCCGCCGGCCGCCACTTCTACGCCGCCGCCACCGGGGCTATTCTCTCCTACCTCTCCTTCGGATTCTCGTCCAATCTGCATTTCATCGTGCCCATGCTCTTGGGTTACGCCTCCATGGCGCTTTGTCGAAAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763842.1
MELPEMDSMASAIGVSVPVLRFILCFVVTIPVSFLHRFVPGGPAGRHFYAAATGAILSYLSFGFSSNLHFIVPMLLGYASMALCRKYSGIITFFLAFGYLIGCHVYYMSGDAWKEGGIDATGALMVITLKIISCVINYNDGILKEDDLREAQKKNRLLKMPSLLEYFGYCLCCGSHFAGPVYEMKDYIEWTERKGIWQPSDKGRSPSPYWATLRALLQSAICMGLYLYLVPHFPLSRFTEPVYQEYGFFKKLSYQYMSGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器