Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002615`

染色体: Chr01 坐标: 44411608-44417233 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002615`
名称	SmilChr01G002615
描述	uncharacterized SmilChr01G002615
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44411608 - 44417233 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985127`
GeneID	`130985127`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985127`
原始查询	`SmilChr01G002615`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=33.6; qcov=0.806; evalue=2.31e-34; confidence=low
Rice	`Os11g0577650` - identity=53.2; qcov=0.729; evalue=4.11e-66; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057763911.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057763911.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057763911.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763911.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057763911.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44415234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C43
`Chr1:44415244`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B41,B53
`Chr1:44415244`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B41,B53
`Chr1:44415289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B35,B41,D11
`Chr1:44415305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B41,B53,C19
`Chr1:44415354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B41,B53
`Chr1:44415367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B101,B115,B78,B8
`Chr1:44415369`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	72	A1,A10,A11,A13,A18,A2,A21,A6,A7,A8,B1,B100,B101,B104,B108,B109,B113,B114,B12,B124,B127,B132,B135,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B2,B20,B33,B34,B35,B41,B44,B53,B58,B62,B66,B68,B70,B72,B82,B84,B87,B93,B97,B99,C14,C22,C28,C34,C35,C41,C46,C48,C49,C5,C54,C58,C67,C75,C78,C82,C83,C84,C86,C87,D5,D7,D9
`Chr1:44415372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B48
`Chr1:44415383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr1:44415390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	67	A1,A14,A18,A22,A25,A5,A7,B103,B106,B108,B109,B113,B120,B128,B129,B135,B15,B21,B24,B28,B29,B3,B30,B33,B44,B46,B48,B49,B52,B59,B6,B62,B63,B66,B75,B8,B83,B86,B88,B9,B94,C10,C12,C15,C17,C20,C21,C25,C26,C29,C30,C39,C41,C42,C51,C53,C57,C58,C61,C62,C71,C79,C83,C87,D3,D8,D9
`Chr1:44415397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B71,C37,D1,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763911.1

258 aa

129

258

DUF8040

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 73-151 aa PF13359 DDE_Tnp_4 183-239 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763911.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	73	151	1.3e-23	83.4	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057763911.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	183	239	3.7e-06	27.4	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009088900.1
ATTAAACATTTTATGAGCAGCCCGCAATAAACACATGGCCCGGTGAAAATCCATTGTTTTCTCCGTATAACGTTTCGCGCCTCACCCCTCCGATTCTTTTTCCAGCTTTCAGAAAACAATTTTCGGTGCCTTAATTACCCTTCGACTTCTTTATTCAAAACTCGATTTCTAGGTCAAAAATTCCCAGCCGCCTGTTTTTTCACATTCGCTACTCTCTGAAACTCGTGACGAAGAAGAAGCAGATCGAAGAATTGCTGGAG...

XR_009088901.1
ATTAAACATTTTATGAGCAGCCCGCAATAAACACATGGCCCGGTGAAAATCCATTGTTTTCTCCGTATAACGTTTCGCGCCTCACCCCTCCGATTCTTTTTCCAGCTTTCAGAAAACAATTTTCGGTGCCTTAATTACCCTTCGACTTCTTTATTCAAAACTCGATTTCTAGGTCAAAAATTCCCAGCCGCCTGTTTTTTCACATTCGCTACTCTCTGAAACTCGTGACGAAGAAGAAGCAGATCGAAGAATTGCTGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985127
ATGGCTGGAAGAATACGTCCTTGTGATAAAGACATATTTTTCTTGGTACTACAACACATTTTGCTTCATCATATTGCACAAATTGGTATTGTCATTGCATATATAGCTAAGGCTGAATCAAGGAAAAGAAAACGTGGGACTGCAGTACCTAAATATGGCATGATTTGTAGGATGCCTGACCAAATAAAACATCTAGATCGAATGATAGGTTACACGGACATTGATTGTATTTCTAACTTACGTATGGACCGTAGTACCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763911.1
MAGRIRPCDKDIFFLVLQHILLHHIAQIGIVIAYIAKAESRKRKRGTAVPKYGMICRMPDQIKHLDRMIGYTDIDCISNLRMDRSTFGRLCQILRVRGGLVNGNYVTVEEQVAIFLSMLAHHKKNRVVRFDFWRSGQTISHYIHAVLEAIIRLHDIFLVKPEAVTDECTDTRWKWFKGCLGALDGTYINVTVSNSDKPRYRTRKGQISTNVLGVCDRNLNFVYVLSGWEGSANDCRILRDALNRPHGLKVLKVAVTEQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器