Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002621`

染色体: Chr01 坐标: 44483746-44489744 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002621`
名称	SmilChr01G002621
描述	serine/threonine-protein kinase CTR1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44483746 - 44489744 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985176`
GeneID	`130985176`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985176`
原始查询	`SmilChr01G002621`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase CTR1
产物	serine/threonine-protein kinase CTR1
Arabidopsis	`AT4G23050` (AT4G23050) PAS domain-containing protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828404] identity=69.4; qcov=0.496; evalue=5.42e-137; confidence=medium
Rice	`Os02g0743500` (OJ1734_E02.18-2) - identity=50.1; qcov=0.65; evalue=2.02e-107; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00989 (PAS); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13426 (PAS_9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985176

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057763984.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057763990.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057763984.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763984.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763984.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44484190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr1:44485361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:44485362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B108,C23
`Chr1:44486443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B90,B92
`Chr1:44486686`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B74,C1,C17
`Chr1:44486860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr1:44487924`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B13
`Chr1:44489324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B121
`Chr1:44489338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B26,B80,C38,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763984.1

776 aa

388

776

PAS

PAS_9

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF00989 PAS 94-182 aa PF13426 PAS_9 95-185 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 505-757 aa PF00069 Pkinase 506-753 aa

XP_057763990.1

540 aa

270

540

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 269-521 aa PF00069 Pkinase 270-517 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763984.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	94	182	4.5e-13	49.9	PAS fold
`XP_057763984.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	95	185	2.6e-11	44.4	PAS domain
`XP_057763984.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	505	757	4.3e-67	226.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057763984.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	506	753	6.6e-55	187.1	Protein kinase domain
`XP_057763990.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	269	521	1.9e-67	228.0	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057763990.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	270	517	3.1e-55	188.1	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908001.1
ACGCCTAACCGGGTCGGATCCGATCCGATCCGTAAAATGGTTGAAGGCCGTAATTACCGAAATTGTCCCTTTCAATAGGTTCGTTGCTGTAATTAGGCGGCAGAAGCCACGCGGCGGAAATCGGTTTGCCCCACGACCAATGCAAAATTTTAAATTTAGAAATAATGCTCTTCCATTTATTTTTATTTTTTTAAATTAAATACTGAATAGTTTTCTTCTACAAAAACCTTGAGGCGATGTCCCCCACCCGCCCATATGCA...

XM_057908007.1
GGAATCGTGCTGCCGAAAAGCTGTTTGGGTATAAAGACTATGAAGTAGTAGGACAGGGAGCTATTGAACTACTTTTTGAAGAAGAACATCGTAATTTAGTTCTGGCAATCATTGAGAGGATGAGAATAGGAGAATCTTGGTCAGGGCAACTCCCTCTAAGGAAGCGATCTGGTCAAAGTTTCATTGCACTAGTTACAAAGAGCCCATTATATGAGGATGGCCTCCAAAGTTTTATCTCGGACACGAGGGAATGCCCCCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985176
ATGGACGGCGGAGGCCAGTCATCGGAGAGATTCCTCAGAGCTCTATTGGATCGCTTCGAGAGCCTGGAGGCGAGCCACGAGAAGCTCAAGGAGCAGTTCCAAGTTGTCGTGCACGAGAAGGCCACCGGCGCCGCCGCTAGAGAGAGGGAGGCGCCGTCGGATTCCGGCGGCTCCAGGCGGTATCCCGGCTGGGGCGAAATGCCGGGGGCCTACTTCTCTGAGAGTCCGCACAAGAGGGTGTTGGAGTACATGGGTCATGC...

LOC130985176
ATGAGGATGGCCTCCAAAGTTTTATCTCGGACACGAGGGAATGCCCCCTCCTCCTCTGATACATGTAGAAGTACAAGGGATGGAGAGGAAGCAGAAGCAGAAAGTCACGACACAAGAGCAGATAGACCACCAAGAGCCCCTATTGCTAAGGGTGTTTTCGGATTGCCAATAGGGAGGAGTAGAACTGAAGGGTCATGCTTGGAAATGGAAGAAACAGCATCTGAAAATTCTCAGCCTTCAAAAATTGCAGTAAAAATCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057763984.1
MDGGGQSSERFLRALLDRFESLEASHEKLKEQFQVVVHEKATGAAAREREAPSDSGGSRRYPGWGEMPGAYFSESPHKRVLEYMGHALHVSRVGSGEIIYWNRAAEKLFGYKDYEVVGQGAIELLFEEEHRNLVLAIIERMRIGESWSGQLPLRKRSGQSFIALVTKSPLYEDGELTGIVTVSSDAAVFNRTNSGNMRTRQDNANEQSKFRRINLKNIQWHQRPQIAGVPYLASSVSNLASKVLSRTRGNAPSSSDTCRS...

XP_057763990.1
MRMASKVLSRTRGNAPSSSDTCRSTRDGEEAEAESHDTRADRPPRAPIAKGVFGLPIGRSRTEGSCLEMEETASENSQPSKIAVKIIEKLHIGASSNLENVVDERIQQNSLEDNSRRKEAANGTCSPRHSMQSASHFHSLDASNNSVDAMKGTSDVANRKQTNLHRNLLFDSESCPGEAFSGAHQGCFEVQRHADQLPGTSLQANGNKSEANFPNTKSLNLENASNEQSDAQKNPGSAESSGSGTESSSSKGENDLPLVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器