Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002624`

染色体: Chr01 坐标: 44508084-44511145 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002624`
名称	SmilChr01G002624
描述	RHOMBOID-like protein 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44508084 - 44511145 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985203`
GeneID	`130985203`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985203`
原始查询	`SmilChr01G002624`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RHOMBOID-like protein 2
产物	RHOMBOID-like protein 2
Arabidopsis	`AT1G63120` (RBL2) RHOMBOID-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842616] identity=68.7; qcov=1; evalue=7.82e-153; confidence=high
Rice	`Os09g0525900` (OsRhmbd16) - identity=70.5; qcov=0.913; evalue=1.25e-154; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01694 (Rhomboid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985203

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057764019.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057764019.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057764019.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057764019.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057764019.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44508379`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B138,B82,C85
`Chr1:44508379`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B138,B82,C85
`Chr1:44508806`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B121
`Chr1:44508908`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B127,B13,B24,B68,C42
`Chr1:44508931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B113,B25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764019.1

323 aa

162

323

Rhomboid

PF01694 Rhomboid 110-246 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764019.1`	Pfam	`PF01694`	Rhomboid	Domain	110	246	2e-43	148.7	Rhomboid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908036.1
CTGGCGTAAAAAAACTAGCTTTAGAAACAAGCATCGACGAAACTTCATCTTCCACTGACACAACTCGCCAACTAAAACAAATACAAAACCTTAAAACACACACACACAAAAAACACGCACTCAACAAAACCTTAATCCAATTGAAATACACAAAAGCCAACTCCAAATCTTCGTTAGTTTATTCTCAAACCCCATTACTCGCATTCAAATTGATCTTCCAAAGCACTGAAAGCAACTCTTCTCTCTCTACCAATTCTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985203
ATGGGGAACGGGGATTTGGAGAGGGGTACGCCAACGAAGAGCAGGAATCAGAGATACTCAGCAGCAGCGGCATATGATATGGAGCACTCGGAGAGACAGTGGACTTCTTGGCTGGTGCCGATGATTGTGGTGGCCAATGTTTCCATGTTTGTTGTGATCATGTTTGTCAACAATTGCCCCAAGAATCATGATGGTGCTGGTACTTGCGTCGCTAAGTTTCTTGGCCGCCTCTCCTTTCAGCCCCTCAGGGAAAACCCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764019.1
MGNGDLERGTPTKSRNQRYSAAAAYDMEHSERQWTSWLVPMIVVANVSMFVVIMFVNNCPKNHDGAGTCVAKFLGRLSFQPLRENPLFGPSSSTLDKLGALEWNKIVHENQAWRLISCIWLHAGLIHLLANMLSLVFIGIRLEQQFGFVRVGVIYLLSGIGGSILSSLFIQNSISVGASGALFGLLGAMLSELLTNWTIYANKAAALFTLVIIIAINLAVGILPHVDNFAHIGGFLSGLLLGFVFLVRPQFGWKEGRHLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器