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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002626

染色体: Chr01 坐标: 44548231-44549162 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002626
名称SmilChr01G002626
描述plasma membrane ATPase 4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44548231 - 44549162 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985224
GeneID130985224
locus_tag-
NCBI NameLOC130985224
原始查询SmilChr01G002626

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述plasma membrane ATPase 4-like
产物plasma membrane ATPase 4-like
ArabidopsisAT2G07560 (HA6)
H[+]-ATPase 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815329]
identity=81; qcov=0.462; evalue=1.71e-18; confidence=low
RiceOs02g0797300 (OSA6)
-
identity=83.3; qcov=0.462; evalue=7.62e-18; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008553 (P-type proton-exporting transporter activity); GO:0051453 (regulation of intracellular pH); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057764046.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057764046.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057764046.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764046.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764046.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44548688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C81
Chr1:44548707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:44548715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B130,B136,C33
Chr1:44548720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr1:44548727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:44548733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B53,C11,C14,D2
Chr1:44548735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 D11,D3,D4,D6
Chr1:44548738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B130,B136,C33
Chr1:44548743 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B83
Chr1:44548743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr1:44548756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:44548767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C18,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908063.1
ATATCAGTTAAATATATTAATTAATTATCATTACAATACAATCAAAATCATGAACTCCTAAATTTTGCCAACAACCAAAACAAACGAACATTTATGGGCAATAATTTCAAAGTTGGTATCTTAAAAATTCACTAAATCCGATAAAAAAAAATTAAATGTGAATTCATGAATATGAAGAAATTTAAACGTATATAACATGAGAAAGTTCCGATAGAGGAAGTGTTCGAGCAGCTGAAATGCGGCCGCGATGGGCTGAGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985224
ATGGAAGCGGCGGCGCTGATGGCGATCGTCTTGGCGAACGGGCAGGGGAAGCCCCCGGACTGGCAGGATTTCATCGGAATCGTGTGCCTGCTGGTGATCAACTCCGCCATCAGTTTCTTCGAGGAGAACAACGCCGGCAACGCCGCGGCGGCGCTGATGGCGGCGGAGATGCAGATGAAGGCGGCGGCGGCATCGATGGTGATGAAGGCAGTGGAGATAGACAACGACGTCGATGGAGATGAAGGCGGTGGAGATAGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764046.1
MEAAALMAIVLANGQGKPPDWQDFIGIVCLLVINSAISFFEENNAGNAAAALMAAEMQMKAAAASMVMKAVEIDNDVDGDEGGGDRRQRRW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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