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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002636

染色体: Chr01 坐标: 44640796-44644909 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002636
名称SmilChr01G002636
描述stress-response A/B barrel domain-containing protein UP3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44640796 - 44644909 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985337
GeneID130985337
locus_tag-
NCBI NameLOC130985337
原始查询SmilChr01G002636

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述stress-response A/B barrel domain-containing protein UP3
产物stress-response A/B barrel domain-containing protein UP3
ArabidopsisAT2G32500 (AT2G32500)
Stress responsive alpha-beta barrel domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817811]
identity=58.5; qcov=0.816; evalue=2.3e-103; confidence=high
RiceOs03g0110900
-
identity=53.2; qcov=0.766; evalue=3.58e-89; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07876 (Dabb)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057764257.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057764257.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764257.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764257.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764257.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44641034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:44642772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:44644277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764257.1
305 aa
N
1
152
305
Dabb
C
PF07876 Dabb 85-179 aa
XP_057764265.1
305 aa
N
1
152
305
Dabb
C
PF07876 Dabb 85-179 aa
XP_057764270.1
305 aa
N
1
152
305
Dabb
C
PF07876 Dabb 85-179 aa
XP_057764277.1
304 aa
N
1
152
304
Dabb
Dabb
C
PF07876 Dabb 85-179 aa PF07876 Dabb 205-295 aa
XP_057764284.1
304 aa
N
1
152
304
Dabb
Dabb
C
PF07876 Dabb 85-179 aa PF07876 Dabb 205-295 aa
XP_057764293.1
304 aa
N
1
152
304
Dabb
Dabb
C
PF07876 Dabb 85-179 aa PF07876 Dabb 205-295 aa
XP_057764301.1
304 aa
N
1
152
304
Dabb
Dabb
C
PF07876 Dabb 85-179 aa PF07876 Dabb 205-295 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764257.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 85 179 5.8e-17 62.9 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764265.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 85 179 5.8e-17 62.9 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764270.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 85 179 5.8e-17 62.9 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764277.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 85 179 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764277.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 205 295 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764284.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 85 179 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764284.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 205 295 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764293.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 85 179 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764293.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 205 295 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764301.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 85 179 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain
XP_057764301.1 Pfam PF07876 Dabb Domain 205 295 7.7e-18 65.7 Stress responsive A/B Barrel Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908274.1
GCGGCAACGCAAGCGCCTTCCATTTAAATTGCCGTTTTATGCAGACCACCCATTTCCAATTCCAACCGCTAAACTATCACTCATCTTCATCATCAACAATTTTTTCGCCACACACACAGTTAGCTGTGGAGAGAGGGAGAGGAACTCCTAACTAAAATGCAGGTTTTGAGTCAAATTTTCTCTCCTCGTACTCTAGCTCTTCGCCATGGAAATGGCTCGGAAACCCTAGGGCTTTCAACATCGCATTCGAGATCACAGCG...
XM_057908294.1
CCTTCCATTTAAATTGCCGTTTTATGCAGACCACCCATTTCCAATTCCAACCGCTAAACTATCACTCATCTTCATCATCAACAATTTTTTCGCCACACACACAGTTAGCTGTGGAGAGAGGGAGAGGAACTCCTAACTAAAATGCAGGTTTTGAGTCAAATTTTCTCTCCTCGTACTCTAGCTCTTCGCCATGGAAATGGCTCGGAAACCCTAGGGCTTTCAACATCGCATTCGAGATCACAGCGGAGGAATATTTGGCG...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130985337
ATGCAGGTTTTGAGTCAAATTTTCTCTCCTCGTACTCTAGCTCTTCGCCATGGAAATGGCTCGGAAACCCTAGGGCTTTCAACATCGCATTCGAGATCACAGCGGAGGAATATTTGGCGCAGCGGAGTTTCCTCGTTCATCGATAGGAGGGGAAATTTAAGCGATTTGACTAAAAAGGAGAGGGGGAATGTAGTAGTTTCATCCGTGGAAGAAGGAATCTCGGGTACTGGTGCGCAAAGAAAGAGAAAAGTGGTTGAACA...
LOC130985337
ATGCAGGTTTTGAGTCAAATTTTCTCTCCTCGTACTCTAGCTCTTCGCCATGGAAATGGCTCGGAAACCCTAGGGCTTTCAACATCGCATTCGAGATCACAGCGGAGGAATATTTGGCGCAGCGGAGTTTCCTCGTTCATCGATAGGAGGGGAAATTTAAGCGATTTGACTAAAAAGGAGAGGGGGAATGTAGTAGTTTCATCCGTGGAAGAAGGAATCTCGGGTACTGGTGCGCAAAGAAAGAGAAAAGTGGTTGAACA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057764257.1
MQVLSQIFSPRTLALRHGNGSETLGLSTSHSRSQRRNIWRSGVSSFIDRRGNLSDLTKKERGNVVVSSVEEGISGTGAQRKRKVVEHICLVKAKEDLSEEEEKDMLDFLYTTQYQMRGIVAMSLGRICDQNPEQCTHAIFMRFQTKEDLAKFYENTFYTKVLKEHVMPYCHGFINLDYESEVEDDILPIFRKGEEFNYGVELMLLVEFSQSSLDGPAEDAITSLANLTVEFPSLIVQATKGANMNMNNVEYTHGVVVRFR...
XP_057764265.1
MQVLSQIFSPRTLALRHGNGSETLGLSTSHSRSQRRNIWRSGVSSFIDRRGNLSDLTKKERGNVVVSSVEEGISGTGAQRKRKVVEHICLVKAKEDLSEEEEKDMLDFLYTTQYQMRGIVAMSLGRICDQNPEQCTHAIFMRFQTKEDLAKFYENTFYTKVLKEHVMPYCHGFINLDYESEVEDDILPIFRKGEEFNYGVELMLLVEFSQSSLDGPAEDAITSLANLTVEFPSLIVQATKGANMNMNNVEYTHGVVVRFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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