Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002639

染色体: Chr01 坐标: 44675989-44676734 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002639
名称SmilChr01G002639
描述uncharacterized SmilChr01G002639
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44675989 - 44676734 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985386
GeneID130985386
locus_tag-
NCBI NameLOC130985386
原始查询SmilChr01G002639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述selenium binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829263]; symbol=AT4G31360; hit=AT4G31360; species=arabidopsis; confidence=medium
产物selenium binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829263]; symbol=AT4G31360; hit=AT4G31360; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G31360 (AT4G31360)
selenium binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829263]
identity=65.5; qcov=0.56; evalue=1.56e-37; confidence=medium
RiceOs11g0704000
-
identity=58.6; qcov=0.74; evalue=3.24e-37; confidence=medium
GOGO:0005794 (Golgi apparatus)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764331.1
2 Nucleolus 核仁 0.60000 XP_057764331.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057764331.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057764331.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764331.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44676348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr1:44676471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:44676592 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 29 A1,B103,B113,B118,B124,B128,B31,B36,B44,B46,B50,B51,B55,B59,B86,B9,B97,C17,C23,C29,C41,C44,C49,C52,C7,C75,C78,C79,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908348.1
ATTCTCAAAAACAGAGGGTTCAAAGCATGTACCACAATTCAAAATGGCGGGAAACCCACTCACTCTCTCCTTCCAAATAAATCAAAAGGGAGATAACATTCACCCACATTCCAGAAAGTGCCTTTTCCGTTTGATTTCAAAATGCCACCAAAACGGAAACAGCCAACTCCCAGTGACACCGCCGCCCCGGTTGTCCGGAGGTCCGCCCGCCTCTCCAGCGCCGCCGTCACTCCACCTGCTTACCCAGAGCCGCCCAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985386
ATGCCACCAAAACGGAAACAGCCAACTCCCAGTGACACCGCCGCCCCGGTTGTCCGGAGGTCCGCCCGCCTCTCCAGCGCCGCCGTCACTCCACCTGCTTACCCAGAGCCGCCCAAGAAGAAGAAAATCAAGGCCGCCGCCGCCGCCAAGCAAGAAGCCGAGGCGGCGGCGTCCCCGAAAGCAGAAAGCATGAAGACCATCGTGATCGAGCACTGCAAGCAGTGCACCCAGTTCAAGATTAGGGCGATGAAGGTGAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764331.1
MPPKRKQPTPSDTAAPVVRRSARLSSAAVTPPAYPEPPKKKKIKAAAAAKQEAEAAASPKAESMKTIVIEHCKQCTQFKIRAMKVKEGLEKEVAGVNVVVNREKPRRGCFEIREEGGEVFVSLLDMKRPFPPLKALDIDNLISNIVAKIR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器