Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002651`

染色体: Chr01 坐标: 44831129-44832049 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002651`
名称	SmilChr01G002651
描述	protein TRANSPARENT TESTA 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44831129 - 44832049 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985493`
GeneID	`130985493`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985493`
原始查询	`SmilChr01G002651`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TRANSPARENT TESTA 1-like
产物	protein TRANSPARENT TESTA 1-like
Arabidopsis	`AT1G34790` (TT1) C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840386] identity=67.7; qcov=0.917; evalue=1.64e-95; confidence=high
Rice	`Os06g0612300` - identity=71; qcov=0.718; evalue=2.22e-82; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0010468 (regulation of gene expression); GO:0048856 (anatomical structure development)
KEGG	-
Pfam	PF22995 (C2CH-3rd_BIRD-IDD); PF23115 (zf-C2H2_STOP2_3rd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985493

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764480.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764480.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764480.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764480.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057764480.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44831299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C3,C39,C80
`Chr1:44831319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:44831606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B58,B77,B84
`Chr1:44831730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B78
`Chr1:44831780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764480.1

216 aa

108

216

zf-C2H2_STOP2_3rd

C2CH-3rd_BIRD-IDD

PF23115 zf-C2H2_STOP2_3rd 116-150 aa PF22995 C2CH-3rd_BIRD-IDD 153-177 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764480.1`	Pfam	`PF23115`	zf-C2H2_STOP2_3rd	Domain	116	150	2.4e-18	66.6	STOP2-like, C2H2-type zinc finger
`XP_057764480.1`	Pfam	`PF22995`	C2CH-3rd_BIRD-IDD	Domain	153	177	1.4e-10	41.4	BIRD-IDD transcription factor, third C2HC zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908497.1
TTCAATGCTCTTCCAATTCTCACTCAACCAACTCATCAATAAATCTCTCCACAAAAAATAAAATATTGTGTCAAGGGTTTTGTTCTTGACAAAAAAATCAAGAAATGGAGCCCTTCGACTTCTTCCCGAGAAAATCAGGTGAAATGGCGTTGCAATCGAGGCAGTCGTGCGACGAAGACGACGATGCCGCCGCCATCAGTTTGCAAATCGGGCTTCCAAACTCGGGTTCAGGCGGCGGAAAGAAAGAAGCAAACTCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985493
ATGGAGCCCTTCGACTTCTTCCCGAGAAAATCAGGTGAAATGGCGTTGCAATCGAGGCAGTCGTGCGACGAAGACGACGATGCCGCCGCCATCAGTTTGCAAATCGGGCTTCCAAACTCGGGTTCAGGCGGCGGAAAGAAAGAAGCAAACTCGGCGGCGAAATACTGGATACCTAGCGCTGCACAAATAGTAGTTGGCTTCACTCATTTCTCGTGCCACGTGTGCAAAAAGACATTCAATCGCTACAATAATCTTCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764480.1
MEPFDFFPRKSGEMALQSRQSCDEDDDAAAISLQIGLPNSGSGGGKKEANSAAKYWIPSAAQIVVGFTHFSCHVCKKTFNRYNNLQMHMWGHGSQFRRGAESLKGRQPRGIMGIPCYCCEEGCKNNIDEPRAKPLKDFRTLQTHYKRKHGSKRFSCRKCGKCLAVKGDWRTHEKNCGKRWLCVCGSHFKHKRSLKDHVAAFASPHRPSSPPTFLKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器