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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002667

染色体: Chr01 坐标: 44886469-44894970 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002667
名称SmilChr01G002667
描述protein tesmin/TSO1-like CXC 5
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44886469 - 44894970 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985605
GeneID130985605
locus_tag-
NCBI NameLOC130985605
原始查询SmilChr01G002667

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein tesmin/TSO1-like CXC 5
产物protein tesmin/TSO1-like CXC 5
ArabidopsisAT4G29000 (AT4G29000)
Tesmin/TSO1-like CXC domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829021]
identity=52.3; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0761100
-
identity=48.4; qcov=0.959; evalue=1.29e-146; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF03638 (TCR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764656.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764656.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764656.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764656.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764656.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44886817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,D4
Chr1:44887097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr1:44887180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:44887284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,C31,C82
Chr1:44887294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:44887319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,B87,C60,D11
Chr1:44887364 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:44887389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,B87,C60,D11
Chr1:44888759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B111,B77,C73,D3
Chr1:44890113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:44890188 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 123 A10,A16,A18,A19,A20,A4,A6,A9,B1,B100,B101,B103,B105,B108,B110,B114,B117,B118,B12,B122,B123,B124,B126,B129,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B14,B17,B20,B23,B26,B28,B29,B30,B32,B33,B36,B39,B40,B42,B44,B45,B47,B48,B49,B54,B55,B56,B58,B60,B62,B68,B7,B70,B71,B74,B75,B77,B78,B8,B86,B88,B90,B91,B94,B95,B98,C10,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C2,C22,C24,C26,C29,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C4,C41,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C63,C64,C67,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C77,C80,C9,D1,D3,D6,D7,D8
Chr1:44890206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764656.1
593 aa
N
1
296
593
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 117-152 aa PF03638 TCR 202-237 aa
XP_057764663.1
592 aa
N
1
296
592
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 117-152 aa PF03638 TCR 202-237 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764656.1 Pfam PF03638 TCR Domain 117 152 1.7e-24 86.5 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057764656.1 Pfam PF03638 TCR Domain 202 237 1.7e-24 86.5 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057764663.1 Pfam PF03638 TCR Domain 117 152 1.7e-24 86.5 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057764663.1 Pfam PF03638 TCR Domain 202 237 1.7e-24 86.5 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908673.1
CGAAATTGAATTTCAAAAGCTAAGCTAGAGAGGGAGGAAGGGGACTCAAAGCCAGCGAAACCAATTCAAAGAATTCTTCATCTGCGTGTGTGTGGTTTGTGTATATGTACATTGGAGTGTACATACGCGCATTTGTATCTATATGCGTCTGTAGGGATCGAGCTACCTCTCAATTGGGACGGAGATTTTTTTTTTGTCCTTTGAATTTTGTGGTGTTTTAATTGCGAGCTTGTTAAAATTATGACAGTCGAATTCGAATT...
XM_057908680.1
GAAATTGAATTTCAAAAGCTAAGCTAGAGAGGGAGGAAGGGGACTCAAAGCCAGCGAAACCAATTCAAAGAATTCTTCATCTGCGTGTGTGTGGTTTGTGTATATGTACATTGGAGTGTACATACGCGCATTTGTATCTATATGCGTCTGTAGGGATCGAGCTACCTCTCAATTGGGACGGAGATTTTTTTTTTGTCCTTTGAATTTTGTGGTGTTTTAATTGCGAGCTTGTTAAAATTATGACAGTCGAATTCGAATTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985605
ATGGAGCAAAGAGATGAACATGATTTCCCTCCAAAAAAGCCGCCGCCGCCGCAACCGGAAGCGACGACGGCAGGAGTTGATTTCCCAGCGAGGAAGCTGGTGAGGCAGCTGGATTTTACTGGTGGCGCGTCGACGATGGAGCAGCGGCAGCAAGTGAAGCTGGAGCAACCTCCTCCGCAGTTGCTGTCTCATTTAGTGAAGCCGCCGCCGCAGATGCTCTTCATGACTATGCAGCAACCACCTCCGCCGCCCTCTCATCC...
LOC130985605
ATGGAGCAAAGAGATGAACATGATTTCCCTCCAAAAAAGCCGCCGCCGCCGCAACCGGAAGCGACGACGGCAGGAGTTGATTTCCCAGCGAGGAAGCTGGTGAGGCAGCTGGATTTTACTGGTGGCGCGTCGACGATGGAGCAGCGGCAGCAAGTGAAGCTGGAGCAACCTCCTCCGCAGTTGCTGTCTCATTTAGTGAAGCCGCCGCCGCAGATGCTCTTCATGACTATGCAGCAACCACCTCCGCCGCCCTCTCATCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764656.1
MEQRDEHDFPPKKPPPPQPEATTAGVDFPARKLVRQLDFTGGASTMEQRQQVKLEQPPPQLLSHLVKPPPQMLFMTMQQPPPPPSHPSVRPPLKPESPRSRPGQNVNEIKDGTPKKQKQCNCKHSRCLKLYCECFASGVYCDGCNCVNCHNNVENDTARREAVEATLERNPTAFRPKIASSPHGARDNREEAGEIVSGKHNKGCHCKKSGCLKKYCECFQANILCSENCKCMDCKNYEGSEERQALFHGDHVNNMAFIQQ...
XP_057764663.1
MEQRDEHDFPPKKPPPPQPEATTAGVDFPARKLVRQLDFTGGASTMEQRQQVKLEQPPPQLLSHLVKPPPQMLFMTMQQPPPPPSHPSVRPPLKPESPRSRPGQNVNEIKDGTPKKQKQCNCKHSRCLKLYCECFASGVYCDGCNCVNCHNNVENDTARREAVEATLERNPTAFRPKIASSPHGARDNREEAGEIVSGKHNKGCHCKKSGCLKKYCECFQANILCSENCKCMDCKNYEGSEERQALFHGDHVNNMAFIQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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