当前解析结果
SmilChr01G002670| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002670 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002670 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G002670 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 44914533 - 44918072 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985638 |
|---|---|
| GeneID | 130985638 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985638 |
| 原始查询 | SmilChr01G002670 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os09g0480300- identity=32.3; qcov=0.634; evalue=3.98e-13; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985638 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764695.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764695.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764695.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764695.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057764695.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:44917025 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr1:44917124 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 118 | A10,A18,A19,A20,A22,A24,A3,A5,A6,A7,B1,B100,B101,B102,B107,B108,B112,B118,B12,B121,B123,B125,B127,B13,B132,B133,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B18,B2,B21,B24,B27,B28,B3,B30,B31,B33,B35,B37,B42,B43,B45,B47,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B6,B66,B68,B7,B71,B72,B73,B76,B8,B80,B83,B86,B87,B9,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C14,C17,C19,C2,C23,C25,C27,C31,C32,C34,C36,C42,C44,C45,C48,C49,C54,C55,C58,C61,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C81,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D11,D6,D7 |
Chr1:44917210 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 61 | A13,A2,A20,A7,A9,B107,B109,B11,B115,B117,B12,B14,B18,B22,B23,B25,B26,B27,B29,B36,B4,B40,B41,B48,B54,B58,B61,B62,B67,B70,B74,B75,B77,B79,B81,B84,B88,B93,B97,C11,C26,C28,C29,C35,C37,C38,C44,C46,C5,C50,C52,C53,C58,C62,C65,C69,C72,C80,C82,D4,D8 |
Chr1:44917280 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B13,B135,B48,B9,C14,C15,C8,D2 |
Chr1:44917478 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A15,A5,B10,B105,B123,B39,B50,B59,B8,C21,C3,C30,C56,C70,C75 |
Chr1:44917482 |
AGG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A15,A5,B10,B105,B123,B39,B50,B59,B8,C21,C3,C30,C70,C75 |
Chr1:44917533 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr1:44917649 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr1:44917701 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr1:44917724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr1:44917727 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 48 | A21,A23,A24,A3,A4,A7,B105,B11,B111,B113,B114,B119,B132,B22,B25,B26,B30,B41,B44,B46,B49,B64,B66,B72,B77,B85,B91,B94,C13,C16,C18,C32,C33,C37,C38,C4,C48,C57,C6,C60,C68,C73,C76,C77,C82,C83,D10,D3 |
Chr1:44917731 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,C82 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。