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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002685

染色体: Chr01 坐标: 45057035-45058846 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002685
名称SmilChr01G002685
描述loganic acid O-methyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45057035 - 45058846 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985774
GeneID130985774
locus_tag-
NCBI NameLOC130985774
原始查询SmilChr01G002685

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述loganic acid O-methyltransferase-like
产物loganic acid O-methyltransferase-like
ArabidopsisAT1G68040 (AT1G68040)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843132]
identity=39.5; qcov=1.04; evalue=1.38e-88; confidence=medium
RiceOs06g0323100
-
identity=35.5; qcov=0.84; evalue=4.11e-52; confidence=medium
GOGO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity); GO:0032259 (methylation)
KEGG-
PfamPF03492 (Methyltransf_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057764883.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057764883.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764883.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764883.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764883.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45058689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B134,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764883.1
356 aa
N
1
178
356
Methyltransf_7
C
PF03492 Methyltransf_7 3-328 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764883.1 Pfam PF03492 Methyltransf_7 Domain 3 328 6e-98 328.9 SAM dependent carboxyl methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908900.1
ATGAGTCAATCATCTCCGATGAATGGTCGGGATGGCACCTATAGCTACACCAAGAATTCCATCTTGCAGAGAGATGGGGTGAGTGCTGTGAAGGACGCAATAAATGAGACGTTGATGAAGAATCTTGATGTCGAAAAGTTGGTGTGTGGTTCGACCAGTACCAGATTCGCCGTCGCCGACTTAGGATGCTCGGTGGGGCCCAACACATTCTACGCCATGGAATCCTTAATCGAAACACTGAAACAGAAATGCCATCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985774
ATGAGTCAATCATCTCCGATGAATGGTCGGGATGGCACCTATAGCTACACCAAGAATTCCATCTTGCAGAGAGATGGGGTGAGTGCTGTGAAGGACGCAATAAATGAGACGTTGATGAAGAATCTTGATGTCGAAAAGTTGGTGTGTGGTTCGACCAGTACCAGATTCGCCGTCGCCGACTTAGGATGCTCGGTGGGGCCCAACACATTCTACGCCATGGAATCCTTAATCGAAACACTGAAACAGAAATGCCATCAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764883.1
MSQSSPMNGRDGTYSYTKNSILQRDGVSAVKDAINETLMKNLDVEKLVCGSTSTRFAVADLGCSVGPNTFYAMESLIETLKQKCHQQGLDSDKLEFQVFFSDQIGNDFNTLFASLPHGQGRNYFAAAVPGSFHGRLFPSSSVHVAYCLFAIHWLSKLPEELLLKDSPAWNVGRIHYAGASDAVVKAYADQFERDMENFLRARAEEIVAGGMIIIVVPGVPDGVVDYDSLYFGFLESLLADMVTEELIEQEQVDLFNIPNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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