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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002687

染色体: Chr01 坐标: 45087035-45090326 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002687
名称SmilChr01G002687
描述uncharacterized SmilChr01G002687
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45087035 - 45090326 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985801
GeneID130985801
locus_tag-
NCBI NameLOC130985801
原始查询SmilChr01G002687

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764910.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057764910.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764910.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764910.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45089368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr1:45089418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C25
Chr1:45089423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B109,B123,C21,C83
Chr1:45089445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr1:45089631 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B104,B22,B48,B7,B74,C85,C87
Chr1:45089904 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 88 A11,A13,A16,A18,A22,A3,A4,A5,A9,B1,B100,B102,B103,B106,B107,B11,B113,B117,B118,B12,B120,B127,B134,B136,B138,B2,B20,B23,B25,B26,B3,B31,B37,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B49,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B65,B7,B71,B75,B8,B81,B82,B83,B84,B90,B98,C13,C14,C21,C24,C25,C26,C27,C30,C33,C34,C37,C44,C47,C5,C51,C54,C58,C60,C62,C63,C67,C7,C71,C72,C73,C78,C80,C83,D10,D5,D6
Chr1:45089909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B4,C22,C41,C52
Chr1:45089910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B103,B25,B31,C80
Chr1:45089958 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A23,B117,B118
Chr1:45089958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B117,B118
Chr1:45089982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

17 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089100.1
AATTTCAAAATTAGAAATCTATTTTTTTTTCCTCTCTTTCTTTCATCCGACGCTCTCTATCTCTCTTTCACATCATTCTCCTTCTTCCTTCTCCGGCGATTTCGCCGGTTTTCGCCGCCTCCGGCGCGACGATGATCATGGTGGTTCTTCCCCTTTATCGTTTTCTACTTATCCACCGGCACCACCGTTTGTTTCTCGCTCCCCACTCCTAATTCTCAATTCAGGCCACACATCCCCCAAACGTTACTGTCTCTGTCGTC...
XR_009089101.1
AATTTCAAAATTAGAAATCTATTTTTTTTTCCTCTCTTTCTTTCATCCGACGCTCTCTATCTCTCTTTCACATCATTCTCCTTCTTCCTTCTCCGGCGATTTCGCCGGTTTTCGCCGCCTCCGGCGCGACGATGATCATGGTGGTTCTTCCCCTTTATCGTTTTCTACTTATCCACCGGCACCACCGTTTGTTTCTCGCTCCCCACTCCTAATTCTCAATTCAGGCCACACATCCCCCAAACGTTACTGTCTCTGTCGTC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130985801
ATGGTCAGAAAACCTAGCTCTAACACCTTTGGAGTTCACATTGGATACTCACAGTCATTGAACCACACAGGCCACGTTTATCTGTTGGACTCTCTTTATCACAGAAATCGTGATATCCCTTGGAAAGCTGCTGTTGACAATGCAATGAGTATTTTCAATGCACACAATGGAAAGAAAATCAAGAATTCAGCAAAATGGGACATCATAAAGGGTCCTAAGCAACCTGGCAGTACAGAATGTGGATTTTTTGTGATGCGATA...
LOC130985801
ATGTGGATTCACATTGGATACTCACAGTCATTGAACCACACAGGCCACGTTTATCTGTTGGACTCTCTTTATCACAGAAATCGTGATATCCCTTGGAAAGCTGCTGTTGACAATGCAATGAGTATTTTCAATGCACACAATGGAAAGAAAATCAAGAATTCAGCAAAATGGGACATCATAAAGGGTCCTAAGCAACCTGGCAGTACAGAATGTGGATTTTTTGTGATGCGATATATGAAAGACATAGTCGAAGGGTTTGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057764910.1
MVRKPSSNTFGVHIGYSQSLNHTGHVYLLDSLYHRNRDIPWKAAVDNAMSIFNAHNGKKIKNSAKWDIIKGPKQPGSTECGFFVMRYMKDIVEGFERADNISLPSLFTNVAYSQVEIDEVREEWAKCVLLHVLD
XP_057764920.1
MWIHIGYSQSLNHTGHVYLLDSLYHRNRDIPWKAAVDNAMSIFNAHNGKKIKNSAKWDIIKGPKQPGSTECGFFVMRYMKDIVEGFERADNISLPSLFTNVAYSQVEIDEVREEWAKCVLLHVLD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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