Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002694`

染色体: Chr01 坐标: 45196457-45199085 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002694`
名称	SmilChr01G002694
描述	vesicle transport protein GOT1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45196457 - 45199085 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985930`
GeneID	`130985930`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985930`
原始查询	`SmilChr01G002694`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vesicle transport protein GOT1-like
产物	vesicle transport protein GOT1-like
Arabidopsis	`AT3G49420` (AT3G49420) Got1/Sft2-like vescicle transport protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824104] identity=82; qcov=0.934; evalue=6.11e-73; confidence=high
Rice	`Os03g0209400` (GOT1B) - identity=81.2; qcov=0.934; evalue=8.3e-70; confidence=high
GO	GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0042147 (retrograde transport, endosome to Golgi)
KEGG	-
Pfam	PF04178 (Got1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985930

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057765096.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057765122.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057765096.1`
4	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057765122.1`
5	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057765122.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45197378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr1:45197512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr1:45197682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:45198779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,C3,C39,C5
`Chr1:45198789`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765096.1

167 aa

167

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

XP_057765105.1

167 aa

167

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

XP_057765114.1

167 aa

167

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

XP_057765122.1

140 aa

140

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

XP_057765129.1

140 aa

140

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

XP_057765139.1

140 aa

140

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

XP_057765150.1

137 aa

137

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

XP_057765161.1

137 aa

137

Got1

PF04178 Got1 16-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765096.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	9.9e-12	46.1	Got1/Sft2-like family
`XP_057765105.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	9.9e-12	46.1	Got1/Sft2-like family
`XP_057765114.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	9.9e-12	46.1	Got1/Sft2-like family
`XP_057765122.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	4.5e-12	47.2	Got1/Sft2-like family
`XP_057765129.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	4.5e-12	47.2	Got1/Sft2-like family
`XP_057765139.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	4.5e-12	47.2	Got1/Sft2-like family
`XP_057765150.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	4.3e-12	47.3	Got1/Sft2-like family
`XP_057765161.1`	Pfam	`PF04178`	Got1	Family	16	115	4.3e-12	47.3	Got1/Sft2-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909113.1
GCCCATTCAACTCGAAACGAGCCGTGTCTGAGTCAACTCGTCCGCGTACACAGTAGTTTCACTTTCATTTCATTCCAATTGTGATCACGTCATCGTGCAAATACCATTTGTTTGCTTCTCTTTGAAGTCACAGTCTTAGCTCGTTACACATATTTACAGCGGTGTAGGGTTTCGGTTGAAGATTTTGTTGACAAATCTAGGTTATTTTTTATTTAATCTGAATTGGCGAAGATGATGTCCTTCGAGATGAACGATCGTAA...

XM_057909167.1
CCCATTCAACTCGAAACGAGCCGTGTCTGAGTCAACTCGTCCGCGTACACAGTAGTTTCACTTTCATTTCATTCCAATTGTGATCACGTCATCGTGCAAATACCATTTGTTTGCTTCTCTTTGAAGTCACAGTCTTAGCTCGTTACACATATTTACAGCGGTGTAGGGTTTCGGTTGAAGATTTTGTTGACAAATCTAGGTTATTTTTTATTTAATCTGAATTGGCGAAGATGATGTCCTTCGAGATGAACGATCGTAAA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA

LOC130985930
ATGATGTCCTTCGAGATGAACGATCGTAAAAAAATTGGACTCGGTTTGACGGGGTTTGGAGTATTCTTTTCGTTTCTTGGGATCATTTTCTTCTTTGATAAGGGACTGCTTGCGATGGGAAATATCCTTTTCTTCTCAGGCGTGACATTAACCATTGGCCTCAAGTCTTCCGCTCAGTTCTTTATGAAGCGTTCTAATTTCAAGGGAACGGTTTCCTTTGGTGTTGGCTTCTTCCTGGTTATCATTGGATGGCCTATCTT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA

XP_057765096.1
MMSFEMNDRKKIGLGLTGFGVFFSFLGIIFFFDKGLLAMGNILFFSGVTLTIGLKSSAQFFMKRSNFKGTVSFGVGFFLVIIGWPILGMIVEAYGFVVLFSGFWPTLAVFLQKMPIIGWLFQQPFVRSVMFLWHLFLLRSYFYLPSFMEFICFCYNLIIKLQVHERC

XP_057765105.1
MMSFEMNDRKKIGLGLTGFGVFFSFLGIIFFFDKGLLAMGNILFFSGVTLTIGLKSSAQFFMKRSNFKGTVSFGVGFFLVIIGWPILGMIVEAYGFVVLFSGFWPTLAVFLQKMPIIGWLFQQPFVRSVMFLWHLFLLRSYFYLPSFMEFICFCYNLIIKLQVHERC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器