当前解析结果
SmilChr01G002696| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002696 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002696 |
| 描述 | profilin-2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 45224988 - 45225895 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985988 |
|---|---|
| GeneID | 130985988 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985988 |
| 原始查询 | SmilChr01G002696 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | profilin-2 |
| 产物 | profilin-2 |
| Arabidopsis | AT4G29340 (PRF4)profilin 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829055] identity=79.1; qcov=1; evalue=1.31e-77; confidence=high |
| Rice | Os10g0323600 (OsPRF1)- identity=78.4; qcov=1; evalue=4.06e-76; confidence=high |
| GO | GO:0003785 (actin monomer binding); GO:0005938 (cell cortex); GO:0042989 (GO:0042989) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00235 (Profilin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985988 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057765227.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057765227.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057765227.1 |
| 4 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057765227.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765227.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:45225145 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B88,B97,C38 |
Chr1:45225182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B88,B97,C38 |
Chr1:45225242 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765227.1PF00235
Profilin 1-133 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765227.1 |
Pfam | PF00235 |
Profilin | Domain | 1 | 133 | 5.1e-44 | 150.2 | Profilin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。