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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002696

染色体: Chr01 坐标: 45224988-45225895 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002696
名称SmilChr01G002696
描述profilin-2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45224988 - 45225895 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985988
GeneID130985988
locus_tag-
NCBI NameLOC130985988
原始查询SmilChr01G002696

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述profilin-2
产物profilin-2
ArabidopsisAT4G29340 (PRF4)
profilin 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829055]
identity=79.1; qcov=1; evalue=1.31e-77; confidence=high
RiceOs10g0323600 (OsPRF1)
-
identity=78.4; qcov=1; evalue=4.06e-76; confidence=high
GOGO:0003785 (actin monomer binding); GO:0005938 (cell cortex); GO:0042989 (GO:0042989)
KEGG-
PfamPF00235 (Profilin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985988

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765227.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057765227.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057765227.1
4 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057765227.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765227.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45225145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,B97,C38
Chr1:45225182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,B97,C38
Chr1:45225242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765227.1
134 aa
N
1
67
134
Profilin
C
PF00235 Profilin 1-133 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765227.1 Pfam PF00235 Profilin Domain 1 133 5.1e-44 150.2 Profilin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909244.1
TCTCTCAAATTTACACTCAATTGTACACAAATTGATCAATCTTCCACTTAACTAGTTCTCTATCTATCTTTGTCGGAACACCTGCAGTAATCTACCACCAAAATGTCGTGGCAAACATACGTAGATGAGCACTTGATGTGCGATATTGAGGGCAATGCCGGCCTCAAACTCGCCTCCGCCGCCATCATGGGACACGACGGCGCCGTATGGGCTCAGAGCGCCAACTTCCCTCAGTTCAAGCCGGACGAGATCAACGGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985988
ATGTCGTGGCAAACATACGTAGATGAGCACTTGATGTGCGATATTGAGGGCAATGCCGGCCTCAAACTCGCCTCCGCCGCCATCATGGGACACGACGGCGCCGTATGGGCTCAGAGCGCCAACTTCCCTCAGTTCAAGCCGGACGAGATCAACGGCATACTCACTGATTTCAACGAGCCGGGACACCTCGCCCCCACCGGCCTATTCGTTGCCGGCCAAAAATATATGGTCATCCAAGGAGAGCCTGGAGCCGTTATTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765227.1
MSWQTYVDEHLMCDIEGNAGLKLASAAIMGHDGAVWAQSANFPQFKPDEINGILTDFNEPGHLAPTGLFVAGQKYMVIQGEPGAVIRGKKGSGGITIKKTGQALVVGVYEEPVTPGQCNMVVERLADYLLDQGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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