Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002708`

染色体: Chr01 坐标: 45346868-45348686 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002708`
名称	SmilChr01G002708
描述	stemmadenine O-acetyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45346868 - 45348686 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986089`
GeneID	`130986089`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986089`
原始查询	`SmilChr01G002708`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	stemmadenine O-acetyltransferase-like
产物	stemmadenine O-acetyltransferase-like
Arabidopsis	`AT3G26040` (AT3G26040) HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822201] identity=38.4; qcov=1.01; evalue=4.74e-99; confidence=medium
Rice	`Os04g0500700` (OsHCT1) hydroxycinnamoyltransferase 1-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4336306] identity=26.1; qcov=1.05; evalue=7.02e-34; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02458 (Transferase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986089

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057765355.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057765355.1`
3	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057765355.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765355.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765355.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45347682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,C33,C48,C50
`Chr1:45347683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr1:45347857`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C43
`Chr1:45347857`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C43
`Chr1:45347860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr1:45347862`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B102
`Chr1:45347862`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B102
`Chr1:45348052`	`G`	`GTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B28
`Chr1:45348052`	`G`	`GTC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B28
`Chr1:45348066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:45348103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:45348120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C11,C69,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765355.1

437 aa

218

437

Transferase

PF02458 Transferase 1-428 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765355.1`	Pfam	`PF02458`	Transferase	Family	1	428	1.3e-79	268.7	Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909372.1
TTGTTCAGAAGATAAGTCTAAGCTCATTAAAATATAACCAACCCTTTTACAATCTATGTATCTTTCTTGATCAGACATTAAATATACAGTGCCAACTCTAAAATACATACATATATGCAGTGCTCCCTCCAGATCTTAAATCCAGCTATACACAAACACAATAAGACCAGATTCTCAAATCTACAATAAAAAAATCCAACCCCTTTTAATTAACTGCACACAAATTTCTGCTCCCCATATTTCCCCAACATTGAACCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986089
ATGAAGATTGAAATAGTATCCACACAAGCAATCAAGCCTTGCACAGTCACCCCTCCCCATCTCAGAGATTTCAAGCTCTCTTTCATTGATGAGAGGATTCCACCTTCTTACATACCTCTCATCCTTTACTACACTTCCAATGAAGACAGCAACATTAGCCAATCCGAAATGTGTGATCGTCTCAAGACCTCGCTCTCGGATGCTCTGGCACAGTTCTACCCCCTGGCAGGGCGCATGAAAGGCCAGATATCAGTGGACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765355.1
MKIEIVSTQAIKPCTVTPPHLRDFKLSFIDERIPPSYIPLILYYTSNEDSNISQSEMCDRLKTSLSDALAQFYPLAGRMKGQISVDCNDDGVLYAEATADANVLDIVESPHPQILDDLVPFVTNGYVSDAPEQLAVQVTSFNCGGITIGLCISHRIADGCTLSSFIKHWAATARGDGSSGASPVFNSATLFPPRNTPDFTPNSNSPSVQPLSPNLVTRRFIFTPSSIQSLQREAAASSGILKPTRVEVVTALIWSRCMAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器