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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002712`

染色体: Chr01 坐标: 45368211-45371658 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002712`
名称	SmilChr01G002712
描述	asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic 1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45368211 - 45371658 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986070`
GeneID	`130986070`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986070`
原始查询	`SmilChr01G002712`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic 1
产物	asparagine--tRNA ligase%2C cytoplasmic 1
Arabidopsis	`AT5G56680` (SYNC1) Class II aminoacyl-tRNA and biotin synthetases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835769] identity=69.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0372700` - identity=69.7; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004816 (asparagine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006421 (asparaginyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00152 (tRNA-synt_2); PF01336 (tRNA_anti-codon)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057765333.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057765333.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765333.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765333.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765333.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45368331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,B77,D3
`Chr1:45368448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr1:45369687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:45369718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B112,B15,B68,C23
`Chr1:45369824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C14,C74
`Chr1:45369918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B12
`Chr1:45369923`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B68,C8
`Chr1:45369923`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B68,C8
`Chr1:45369956`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C14,C74
`Chr1:45370184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr1:45370221`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B99,C72
`Chr1:45370221`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B99,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765333.1

574 aa

287

574

tRNA_anti-codon

tRNA-synt_2

PF01336 tRNA_anti-codon 49-126 aa PF00152 tRNA-synt_2 156-214 aa PF00152 tRNA-synt_2 306-567 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765333.1`	Pfam	`PF01336`	tRNA_anti-codon	Domain	49	126	5.5e-09	36.6	OB-fold nucleic acid binding domain
`XP_057765333.1`	Pfam	`PF00152`	tRNA-synt_2	Domain	156	214	1.9e-60	205.3	tRNA synthetases class II (D, K and N)
`XP_057765333.1`	Pfam	`PF00152`	tRNA-synt_2	Domain	306	567	1.9e-60	205.3	tRNA synthetases class II (D, K and N)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909350.1
ATCAAATATTTTCCGAGAACCCACCCGGATTCGCTGGAACATCGCGGCCATATAAATAGCCCCCTTGAAAACTAACTAGGGTTTAGTAACATTACACAATCCCCACTCACAGAAATGTCAGCTGATTTCACTCCGCCGCCGACGATGGATGGCCTCACCCTCAGCGACGCCGTATCGGAAGCTGAGTTCTCGAAGCGCGTACTGATCAAGTCTATCCTCGGCCGCCCCGACAAGGGCGCCGGGCTGAACGGACGGAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986070
ATGTCAGCTGATTTCACTCCGCCGCCGACGATGGATGGCCTCACCCTCAGCGACGCCGTATCGGAAGCTGAGTTCTCGAAGCGCGTACTGATCAAGTCTATCCTCGGCCGCCCCGACAAGGGCGCCGGGCTGAACGGACGGAAGGTCCGAATCGGAGGATGGGTGAAAACGGGCCGGGAGGCGGAGAAGGGCGCTCTCGCCTTTTTGCAGGTGAACGACGGATCGTCGCCCGAGAATCTGCAGGTGCTCGTGAAAGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765333.1
MSADFTPPPTMDGLTLSDAVSEAEFSKRVLIKSILGRPDKGAGLNGRKVRIGGWVKTGREAEKGALAFLQVNDGSSPENLQVLVKADVYKVSDVVATGTCVHVEGVLQQPPATATQQKIELQVTSVLRVGTVDAAKYPLPKSKAKLPLELLRDVVHLRPRTNIISAIARIRNALAYATHTFFQNHGFLYIHTPIITTSDCEGAGEMFQVTTLINDAEKLEKELKENPPPSEADLKKAELAVKEKGEAVAQLKAAKAIKEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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