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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002717

染色体: Chr01 坐标: 45432075-45435754 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002717
名称SmilChr01G002717
描述probable phospholipase A2 homolog 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45432075 - 45435754 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986121
GeneID130986121
locus_tag-
NCBI NameLOC130986121
原始查询SmilChr01G002717

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable phospholipase A2 homolog 1
产物probable phospholipase A2 homolog 1
ArabidopsisAT2G19690 (PLA2-BETA)
phospholipase A2-beta [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816488]
identity=58.1; qcov=0.824; evalue=2.55e-47; confidence=medium
RiceOs02g0831700 (PLA2-I)
-
identity=62.3; qcov=0.746; evalue=1.64e-49; confidence=medium
GOGO:0004623 (A2-type glycerophospholipase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0006644 (phospholipid metabolic process); GO:0009555 (pollen development); GO:0009846 (pollen germination); GO:0009860 (pollen tube growth); GO:0016042 (lipid catabolic process); GO:0050482 (arachidonate secretion)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057765394.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057765394.1
3 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057765394.1
4 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057765394.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765394.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45432471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B112,B19,B44,B75
Chr1:45432484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B33
Chr1:45435284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B100,C3,C5,C70
Chr1:45435310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B33,C48
Chr1:45435562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr1:45435611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B48,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909411.1
ACCTACAATTATACCAAAATGCACAACCTCATTTTCTTAACTGAAACGCCACAAAGCCAAGAGACTATACATTCAAGCCAACAAACCCACAGCTCTGCTCTGCTGCATACCATTTCTGGGAGAGAATGCTGCTGCGACCCGCCGCATTTCTACATCGGACCGCCGCATTGCTAATATTCTCCGTTCTTATTGCTGAATCCACCAATGATTCTCAGGTCAGGTGCAGCACAACCTGTGTGGCGGAGAATTGTGACACGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986121
ATGCTGCTGCGACCCGCCGCATTTCTACATCGGACCGCCGCATTGCTAATATTCTCCGTTCTTATTGCTGAATCCACCAATGATTCTCAGGTCAGGTGCAGCACAACCTGTGTGGCGGAGAATTGTGACACGATTGGGATTAGGTATGGGAAGTACTGCGGAGTAGGATGGACCGGATGTCCGGGGGAGAAACCATGTGATGATGTGGATGCTTGTTGCCAAATTCACGATGACTGTGTCGGCATAAATGGTATGATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765394.1
MLLRPAAFLHRTAALLIFSVLIAESTNDSQVRCSTTCVAENCDTIGIRYGKYCGVGWTGCPGEKPCDDVDACCQIHDDCVGINGMINIQCHEEFKKCIKNVHKSGKEGFSKVCPYDTAIPTMVQGMDIAILLSQMGTPKEEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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