当前解析结果
SmilChr01G002722| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002722 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002722 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G002722 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 45563242 - 45575353 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986169 |
|---|---|
| GeneID | 130986169 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986169 |
| 原始查询 | SmilChr01G002722 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Metallopeptidase M24 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829070]; symbol=AT4G29490; hit=AT4G29490; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Metallopeptidase M24 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829070]; symbol=AT4G29490; hit=AT4G29490; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT4G29490 (AT4G29490)Metallopeptidase M24 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829070] identity=75.9; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0224400- identity=71.9; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0030145 (manganese ion binding); GO:0070006 (metalloaminopeptidase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00557 (Peptidase_M24); PF05195 (AMP_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986169 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057765466.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057765466.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057765466.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765466.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765466.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:45563360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:45568050 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr1:45575069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,C65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765466.1PF05195
AMP_N 20-139 aa
PF00557
Peptidase_M24 196-458 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765466.1 |
Pfam | PF05195 |
AMP_N | Domain | 20 | 139 | 1.2e-25 | 90.3 | Aminopeptidase P, N-terminal domain |
XP_057765466.1 |
Pfam | PF00557 |
Peptidase_M24 | Domain | 196 | 458 | 7.3e-53 | 180.1 | Metallopeptidase family M24 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。