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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002727

染色体: Chr01 坐标: 45625675-45630901 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002727
名称SmilChr01G002727
描述protein CutA, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45625675 - 45630901 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986198
GeneID130986198
locus_tag-
NCBI NameLOC130986198
原始查询SmilChr01G002727

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CutA, chloroplastic-like
产物protein CutA%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G33740 (CUTA)
Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817940]
identity=63.1; qcov=1.02; evalue=2.55e-66; confidence=high
RiceOs10g0378300 (OsCutA1)
-
identity=63.8; qcov=0.97; evalue=7.07e-68; confidence=high
GOGO:0005507 (copper ion binding); GO:0010038 (response to metal ion)
KEGG-
PfamPF03091 (CutA1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057765499.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057765543.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057765499.1
4 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057765543.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765499.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45626498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:45626571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C35,C65
Chr1:45626730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:45628180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B38,C15
Chr1:45628203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B21,C81
Chr1:45629635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B45,B77,C72,C76
Chr1:45630550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765499.1
184 aa
N
1
92
184
CutA1
C
PF03091 CutA1 83-180 aa
XP_057765506.1
184 aa
N
1
92
184
CutA1
C
PF03091 CutA1 83-180 aa
XP_057765515.1
177 aa
N
1
88
177
CutA1
C
PF03091 CutA1 76-173 aa
XP_057765524.1
172 aa
N
1
86
172
CutA1
C
PF03091 CutA1 71-168 aa
XP_057765534.1
172 aa
N
1
86
172
CutA1
C
PF03091 CutA1 71-168 aa
XP_057765543.1
165 aa
N
1
82
165
CutA1
C
PF03091 CutA1 64-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765499.1 Pfam PF03091 CutA1 Domain 83 180 1e-37 128.6 CutA1 divalent ion tolerance protein
XP_057765506.1 Pfam PF03091 CutA1 Domain 83 180 1e-37 128.6 CutA1 divalent ion tolerance protein
XP_057765515.1 Pfam PF03091 CutA1 Domain 76 173 9.6e-38 128.7 CutA1 divalent ion tolerance protein
XP_057765524.1 Pfam PF03091 CutA1 Domain 71 168 8.7e-38 128.8 CutA1 divalent ion tolerance protein
XP_057765534.1 Pfam PF03091 CutA1 Domain 71 168 8.7e-38 128.8 CutA1 divalent ion tolerance protein
XP_057765543.1 Pfam PF03091 CutA1 Domain 64 161 8.1e-38 128.9 CutA1 divalent ion tolerance protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909516.1
TAAAATAAAATGAGTACTGAAGTGAAAGAATAAGTTTAGAAGGGTGAAGTTTTGTAGAGAATTGGACTCCCCAACTTTCTTCCCCTCTCTACGCAATTCTCCTACACAGCACCAAATCTAATCTCATCGCCGACTATAAGGTAAAACTTAACTCCATAAAGCCAAACCAAAATTGCAAATACTCATGGCTTTAAGACTCTCATCCGTTATCTCCTCCACAGTGGTCCGTCGGCGACTCCCTCTGGTGGGTGCCTTCTGTG...
XM_057909541.1
TAAAATAAAATGAGTACTGAAGTGAAAGAATAAGTTTAGAAGGGTGAAGTTTTGTAGAGAATTGGACTCCCCAACTTTCTTCCCCTCTCTACGCAATTCTCCTACACAGCACCAAATCTAATCTCATCGCCGACTATAAGGTAAAACTTAACTCCATAAAGCCAAACCAAAATTGCAAATACTCATGGCTTTAAGACTCTCATCCGTTATCTCCTCCACAGTGGTCCGTCGGCGACTCCCTCTGGTGGGTGCCTTCTGTG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130986198
ATGCTTGTGGTATCAGTGGTCCGTCGGCGACTCCCTCTGGTGGGTGCCTTCTGTGTTCTTAGTTTGGGCTTCTCCAATCTCTGCACCGTTTCTCTATCTTCAAGAACAGGGTGTGCTCAGTCTCTCTCTTTTGTCCCTCTCTTGCGGACGAAATTTGGTACACAGTCTGAGAATAAGAAATTCCATACTGTAAGGATGGAAGCAAGTAAGACGACTGTGCCCAGCATTGTTGTCTATGTTACAGTTCCGAACAAGGAAGC...
LOC130986198
ATGCTTGTGGTATCAGTGGTCCGTCGGCGACTCCCTCTGGTGGGTGCCTTCTGTGTTCTTAGTTTGGGCTTCTCCAATCTCTGCACCGTTTCTCTATCTTCAAGAACAGGGACGAAATTTGGTACACAGTCTGAGAATAAGAAATTCCATACTGTAAGGATGGAAGCAAGTAAGACGACTGTGCCCAGCATTGTTGTCTATGTTACAGTTCCGAACAAGGAAGCGGGGAAAAAGTTGGCTGAAAGCATAGTCAAAGAGCG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057765499.1
MALRLSSVISSTVVRRRLPLVGAFCVLSLGFSNLCTVSLSSRTGCAQSLSFVPLLRTKFGTQSENKKFHTVRMEASKTTVPSIVVYVTVPNKEAGKKLAESIVKERLAACVNRVPGVESVYEWKGEIQTDSEELLIIKTRESLLEALTEHVKANHEYEVPEVISLPITGGNLQYLEWIKNSTRD
XP_057765506.1
MALRLSSVISSTVVRRRLPLVGAFCVLSLGFSNLCTVSLSSRTGCAQSLSFVPLLRTKFGTQSENKKFHTVRMEASKTTVPSIVVYVTVPNKEAGKKLAESIVKERLAACVNRVPGVESVYEWKGEIQTDSEELLIIKTRESLLEALTEHVKANHEYEVPEVISLPITGGNLQYLEWIKNSTRD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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