当前解析结果
SmilChr01G002732| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002732 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002732 |
| 描述 | mitochondrial carrier protein CoAc2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 45676818 - 45680727 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986272 |
|---|---|
| GeneID | 130986272 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986272 |
| 原始查询 | SmilChr01G002732 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitochondrial carrier protein CoAc2-like |
| 产物 | mitochondrial carrier protein CoAc2-like |
| Arabidopsis | AT4G26180 (AT4G26180)Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828724] identity=75.7; qcov=0.927; evalue=1.13e-175; confidence=high |
| Rice | Os01g0708900- identity=60.6; qcov=0.906; evalue=2.56e-135; confidence=high |
| GO | GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00153 (Mito_carr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986272 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057765614.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057765614.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.80000 | XP_057765614.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765614.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765614.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:45678833 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr1:45678992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B38,B39,C15,C57 |
Chr1:45679435 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr1:45679456 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr1:45679824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765614.1PF00153
Mito_carr 19-104 aa
PF00153
Mito_carr 115-215 aa
PF00153
Mito_carr 220-310 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765614.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 19 | 104 | 8.5e-73 | 240.9 | Mitochondrial carrier protein |
XP_057765614.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 115 | 215 | 8.5e-73 | 240.9 | Mitochondrial carrier protein |
XP_057765614.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 220 | 310 | 8.5e-73 | 240.9 | Mitochondrial carrier protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。