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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002746

染色体: Chr01 坐标: 45769755-45771498 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002746
名称SmilChr01G002746
描述tetraspanin-2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45769755 - 45771498 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986398
GeneID130986398
locus_tag-
NCBI NameLOC130986398
原始查询SmilChr01G002746

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tetraspanin-2-like
产物tetraspanin-2-like
ArabidopsisAT2G19580 (TET2)
tetraspanin2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816477]
identity=63.6; qcov=1; evalue=1.15e-122; confidence=high
RiceOs06g0572400 (OsTET9)
-
identity=58; qcov=1; evalue=2.8e-97; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0009734 (auxin-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00335 (Tetraspanin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986398

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057765778.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765778.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765778.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765778.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765778.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45769832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:45770175 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C23
Chr1:45770175 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765778.1
269 aa
N
1
134
269
Tetraspanin
C
PF00335 Tetraspanin 6-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765778.1 Pfam PF00335 Tetraspanin Family 6 250 2e-32 113.4 Tetraspanin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909795.1
ATGGCGATGAGCAATAACATAACGGCGCTGCTGAACTTCATCGCGCTGATGTGCTCGATCCCCATCATCTCGGCCGGCATATGGCTGGCCTCGAAGCCCGACAACGAGTGCATCCGGTGGCTCCGGTGGCCCCTGGTCTTCCTCGGCATAGCTTTCCTGTTGGTGGCCCTCACCGGCTTCGTGGGCGCCTACTGGAAGAAGGAGGGCCTCCTCGGCCTCTACCTCGTCTGCATGTTCATGCTCATCGTGCTCCTCCTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986398
ATGGCGATGAGCAATAACATAACGGCGCTGCTGAACTTCATCGCGCTGATGTGCTCGATCCCCATCATCTCGGCCGGCATATGGCTGGCCTCGAAGCCCGACAACGAGTGCATCCGGTGGCTCCGGTGGCCCCTGGTCTTCCTCGGCATAGCTTTCCTGTTGGTGGCCCTCACCGGCTTCGTGGGCGCCTACTGGAAGAAGGAGGGCCTCCTCGGCCTCTACCTCGTCTGCATGTTCATGCTCATCGTGCTCCTCCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765778.1
MAMSNNITALLNFIALMCSIPIISAGIWLASKPDNECIRWLRWPLVFLGIAFLLVALTGFVGAYWKKEGLLGLYLVCMFMLIVLLLVLLVLAFVVTHHGGAYPVPGMAFREYRLAGFSSWLRDHITSDDNWGGIRACLAESQICPKLSRNYISAADFFAAHLSPIQSGCCKPPMICGYQYAGPTTWNGAANMAADVDCAMWSNDPSQLCYNCESCKAGLLGNLRHEWRKANVILIVTVVVLIWVYLIACSAYKNAQTEEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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