当前解析结果
SmilChr01G002746| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002746 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002746 |
| 描述 | tetraspanin-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 45769755 - 45771498 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986398 |
|---|---|
| GeneID | 130986398 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986398 |
| 原始查询 | SmilChr01G002746 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | tetraspanin-2-like |
| 产物 | tetraspanin-2-like |
| Arabidopsis | AT2G19580 (TET2)tetraspanin2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816477] identity=63.6; qcov=1; evalue=1.15e-122; confidence=high |
| Rice | Os06g0572400 (OsTET9)- identity=58; qcov=1; evalue=2.8e-97; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0009734 (auxin-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00335 (Tetraspanin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986398 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057765778.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765778.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765778.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765778.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765778.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:45769832 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
Chr1:45770175 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C23 |
Chr1:45770175 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765778.1PF00335
Tetraspanin 6-250 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765778.1 |
Pfam | PF00335 |
Tetraspanin | Family | 6 | 250 | 2e-32 | 113.4 | Tetraspanin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。