Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002748`

染色体: Chr01 坐标: 45802255-45803839 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002748`
名称	SmilChr01G002748
描述	uncharacterized protein At4g29660-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45802255 - 45803839 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986413`
GeneID	`130986413`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986413`
原始查询	`SmilChr01G002748`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	embryo defective 2752 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829087]; symbol=EMB2752; hit=AT4G29660; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	embryo defective 2752 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829087]; symbol=EMB2752; hit=AT4G29660; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G29660` (EMB2752) embryo defective 2752 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829087] identity=73.3; qcov=0.841; evalue=1.52e-46; confidence=medium
Rice	`Os05g0540200` - identity=67.3; qcov=0.916; evalue=4.98e-45; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28732 (At4g29660)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057765798.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057765798.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057765798.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765798.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765798.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45802604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,C32,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765798.1

98 aa

At4g29660

PF28732 At4g29660 5-90 aa

XP_057765799.1

107 aa

107

At4g29660

PF28732 At4g29660 14-99 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765798.1`	Pfam	`PF28732`	At4g29660	Family	5	90	5.6e-50	168.1	At4g29660
`XP_057765799.1`	Pfam	`PF28732`	At4g29660	Family	14	99	7.4e-50	167.8	At4g29660

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909815.1
TTACAATCAAAGTAAAGGCCTTAAAAAGAGATACAGAGAGAAAAAGATAAACGGTTAAATAGGCCGTATCGAACCATAGTCGAAGGAAAAGAAAAAAAAAGTGAAGGAGATAAAAATCAAACAGAAAGCAGCCGTTCGCACACAGTAGCAGAAGATCCGCTTCTGTCATCACCAAATATTTTGAGTGGAGATTTAAATTCCCACTTCTCTCCACAACAGTTGTGAAAATGGCGAGCTACCTGTGGAGGAAATACGCTGAT...

XM_057909816.1
AATCAAAGTAAAGGCCTTAAAAAGAGATACAGAGAGAAAAAGATAAACGGTTAAATAGGCCGTATCGAACCATAGTCGAAGGAAAAGAAAAAAAAAGTGAAGGAGATAAAAATCAAACAGAAAGCAGCCGTTCGCACACAGTAGCAGAAGATCCGCTTCTGTCATCACCAAATATTTTGAGTGGAGATTTAAATTCCCACTTCTCTCCACAACAGGCAAGTTCTACTCACTAAATTTTATGTTTATTTTTTTGTCACTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130986413
ATGCTTGTTTGGTTTTCAGTTGTGAAAATGGCGAGCTACCTGTGGAGGAAATACGCTGATTATGTGTACACGAAGTGGGAGAGAACGCTTCTGTGGGACATGATCGAGAAGTATAAGCGTCCCAGATCGTTTACCCCTCTCATCACAATCTATGTCTGTGCTTTTTACACAGGGGTTGTTGGGGCTGCAATCACCGAGCAACTCTACAAGGAGAAATACTGGGAAGAGCACCCTGGGCACGATGTTCCATTGATGAAGCC...

LOC130986413
ATGGCGAGCTACCTGTGGAGGAAATACGCTGATTATGTGTACACGAAGTGGGAGAGAACGCTTCTGTGGGACATGATCGAGAAGTATAAGCGTCCCAGATCGTTTACCCCTCTCATCACAATCTATGTCTGTGCTTTTTACACAGGGGTTGTTGGGGCTGCAATCACCGAGCAACTCTACAAGGAGAAATACTGGGAAGAGCACCCTGGGCACGATGTTCCATTGATGAAGCCAATGTTCTATAATGGGCCTTGGAGAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057765798.1
MASYLWRKYADYVYTKWERTLLWDMIEKYKRPRSFTPLITIYVCAFYTGVVGAAITEQLYKEKYWEEHPGHDVPLMKPMFYNGPWRVMRGDVPPFVKN

XP_057765799.1
MLVWFSVVKMASYLWRKYADYVYTKWERTLLWDMIEKYKRPRSFTPLITIYVCAFYTGVVGAAITEQLYKEKYWEEHPGHDVPLMKPMFYNGPWRVMRGDVPPFVKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器