Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002750`

染色体: Chr01 坐标: 45812785-45817933 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002750`
名称	SmilChr01G002750
描述	enhanced ethylene response protein 5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45812785 - 45817933 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986424`
GeneID	`130986424`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986424`
原始查询	`SmilChr01G002750`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	enhanced ethylene response protein 5-like
产物	enhanced ethylene response protein 5-like
Arabidopsis	`AT2G19560` (EER5) proteasome family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816475] identity=78.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0386400` - identity=70.2; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000973 (post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery); GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0003723 (RNA binding); GO:0006368 (transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0016973 (poly(A)+ mRNA export from nucleus); GO:0070390 (transcription export complex 2)
KEGG	-
Pfam	PF01399 (PCI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765815.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057765815.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057765815.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765815.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765815.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45812969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr1:45813477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B139,C65
`Chr1:45813982`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr1:45815681`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C15
`Chr1:45815681`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765815.1

414 aa

207

414

PCI

PF01399 PCI 305-400 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765815.1`	Pfam	`PF01399`	PCI	Domain	305	400	2.4e-07	31.6	PCI domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909832.1
CTCCCCCAAATTAACCCCAAAAACCCTAAAATCAGGTGTCACCGAACGACGTCGTCGTAGCAATTGCTGCCTGTTCCTTCTCAAGAAATAGAAGGTTGCAGGTCCTTCCTATGCTCCTTCAGTGGCTTCGACAATGGCGGCATATATAAGCATGGGTGAAGCTCACCGGCGGATAACCGAATACCTAACACGCTTCTGCGATGCGATCTTCTCTCAAGACGGCAAATCACTCAGCCGCCTGCTCTCCGTCTCCTCCGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986424
ATGGCGGCATATATAAGCATGGGTGAAGCTCACCGGCGGATAACCGAATACCTAACACGCTTCTGCGATGCGATCTTCTCTCAAGACGGCAAATCACTCAGCCGCCTGCTCTCCGTCTCCTCCGACTCCCCAACCCTCCTCTCCCTCGCCGACGCCCTCAATACTTTCCAGGATGCTAACAGAGTTATTCGGCAATCTGAGAAATTTTCTCAGTATGGGGACATTCTACTTCATGTATTTCGGGCCTTGCAGAGTTACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765815.1
MAAYISMGEAHRRITEYLTRFCDAIFSQDGKSLSRLLSVSSDSPTLLSLADALNTFQDANRVIRQSEKFSQYGDILLHVFRALQSYRVKNLVESYVAFEKASNAIIQEFRNWETAWALEALYVIAYEIRILAERADIELASIGKTPEKLKGAGSFLMKVFGVLAGKGPKRVGALYVTCQLFKIYFKLGTVHLCRSVIRSIETARIFDFEEFPVRDKVTYMYYTGRLEVYNENFPAADHKLSYALAHCSRKKEANIRMILK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器