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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002753

染色体: Chr01 坐标: 45847328-45850120 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002753
名称SmilChr01G002753
描述uncharacterized SmilChr01G002753
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45847328 - 45850120 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986447
GeneID130986447
locus_tag-
NCBI NameLOC130986447
原始查询SmilChr01G002753

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816472]; symbol=AT2G19530; hit=AT2G19530; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816472]; symbol=AT2G19530; hit=AT2G19530; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G19530 (AT2G19530)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816472]
identity=35.5; qcov=1.34; evalue=1.5e-27; confidence=medium
RiceOs01g0579800
-
identity=42.4; qcov=0.95; evalue=1.53e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986447

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765842.1
2 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057765847.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057765847.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057765842.1
5 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057765847.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45848410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:45848436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B50,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909864.1
AATTTTATTTGTCAAAATCCCTTCAAACATACTCCTCTTACTTACTTTCTAGAACTAAATTAAAGTCCCAAATTTTCAACAAAACATCTCCTAATCATTTCCTTTTTCAAATCAAAAACTAATTTACTGCAAAATCCCAAGCCCTAAATGCAAGGAACATTCAAGTGGTAGTTCAGTTGTTTACATTCCGTTAACAAGGAAAAAGGGAAATGGAGGGGAGCCCACATGGAAATCAAGTTCAGGTTCCAAGTGAACCTGCT...
XM_057909859.1
AATCCCTTCAAACATACTCCTCTTACTTACTTTCTAGAACTAAATTAAAGTCCCAAATTTTCAACAAAACATCTCCTAATCATTTCCTTTTTCAAATCAAAAACTAATTTACTGCAAAATCCCAAGCCCTAAATGCAAGGAACATTCAAGTGGTAGTTCAGTTGTTTACATTCCGTTAACAAGGAAAAAGGGAAATGGAGGGGAGCCCACATGGAAATCAAGTTCAGGTTCCAAGTGAACCTGCTGTGAAACGTTTCAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986447
ATGGAGGGGAGCCCACATGGAAATCAAGTTCAGGTTCCAAGTGAACCTGCTGTGAAACGTTTCAGGATTCTTTGGCGTGTTTTTCTGATTTTCAACTTCGGCCTTGGCGCTTACATGTTTGCACAGGGCGGTAAGAAAGAAAGAGCGAAACAAAAAGCCATAGAAGAGCCTCATCCCTCCCCTCCTACCGCAGTGACTGCCCCTGCCCAAGAAGAGCCCATAATCATCACTCCCCCTGTCGAAAGGCCCGTGCCAGTGCG...
LOC130986447
ATGGCCTATGTATGGTCTGGAATCAAGATAATGATTAAGGTTTATGGCGTTTCTGTTGTCATGAAATTGGGGAGATCTGTTAAGCCTTTAGTAGCAGTGATTGGTTGCATTGTTTTGTTGGTAGCGGCATCAATTTCCACACCTGGGAAAAAAAATGCTTACATGTTTGCACAGGGCGGTAAGAAAGAAAGAGCGAAACAAAAAGCCATAGAAGAGCCTCATCCCTCCCCTCCTACCGCAGTGACTGCCCCTGCCCAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765842.1
MAYVWSGIKIMIKVYGVSVVMKLGRSVKPLVAVIGCIVLLVAASISTPGKKNAYMFAQGGKKERAKQKAIEEPHPSPPTAVTAPAQEEPIIITPPVERPVPVRKPVPEDQQREIFKWILEEKRKAKPQNRQEKKRIDEEKAILKEFIRAESLPKI
XP_057765847.1
MEGSPHGNQVQVPSEPAVKRFRILWRVFLIFNFGLGAYMFAQGGKKERAKQKAIEEPHPSPPTAVTAPAQEEPIIITPPVERPVPVRKPVPEDQQREIFKWILEEKRKAKPQNRQEKKRIDEEKAILKEFIRAESLPKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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