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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002760

染色体: Chr01 坐标: 46001747-46006775 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002760
名称SmilChr01G002760
描述uncharacterized SmilChr01G002760
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46001747 - 46006775 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008832
GeneID131008832
locus_tag-
NCBI NameLOC131008832
原始查询SmilChr01G002760

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G06740 (MUG3)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]
identity=25.6; qcov=0.711; evalue=6.02e-62; confidence=low
RiceOs06g0704400
-
identity=31.5; qcov=0.676; evalue=1.03e-109; confidence=low
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00872 (Transposase_mut); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791885.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791885.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791885.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791885.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791885.1
1002 aa
N
1
501
1002
DBD_Tnp_Mut
MULE
Transposase_mut
SWIM
C
PF03108 DBD_Tnp_Mut 337-400 aa PF10551 MULE 529-624 aa PF00872 Transposase_mut 547-686 aa PF04434 SWIM 765-791 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791885.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 337 400 9.8e-06 25.9 MuDR family transposase
XP_057791885.1 Pfam PF10551 MULE Domain 529 624 9e-15 55.5 MULE transposase domain
XP_057791885.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 547 686 5.3e-06 26.3 Transposase, Mutator family
XP_057791885.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 765 791 4.7e-06 26.7 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935902.1
ATGGCCTTCAAAGAGAAGGCGCCGGCTCCTATGTCGGAGGAAAGAAGGGCCGCTCGACACACTTACACCCTCGAGGAGACGAACCTTATTGTCCATGTTTGGGCAGAGGAGACGAACGATGTCGTCCGAGGTGTCGATCAAAAGGGAGAGGCCTATTGGGGCCGAATTCTAAAACCGGGTGACGCCCTCCTCAGCGTCACCTTCAAATCCCGCCAAAGAAATAGGGACCACTTCGCCCGAGTGGCTGCTGAGGTAAAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008832
ATGGCCTTCAAAGAGAAGGCGCCGGCTCCTATGTCGGAGGAAAGAAGGGCCGCTCGACACACTTACACCCTCGAGGAGACGAACCTTATTGTCCATGTTTGGGCAGAGGAGACGAACGATGTCGTCCGAGGTGTCGATCAAAAGGGAGAGGCCTATTGGGGCCGAATTCTAAAACCGGGTGACGCCCTCCTCAGCGTCACCTTCAAATCCCGCCAAAGAAATAGGGACCACTTCGCCCGAGTGGCTGCTGAGGTAAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791885.1
MAFKEKAPAPMSEERRAARHTYTLEETNLIVHVWAEETNDVVRGVDQKGEAYWGRILKPGDALLSVTFKSRQRNRDHFARVAAEVKLWENVWMEVCAKWPSGHSDDMLQQKAQVIFQGRFEEVEVEGCVIECYTGGLAFGRYDLDVDRLGLLVRCIRVPLDAWRDDDYVPQTLAELHASRAVPSSPSPNENVTTDVEAPLPVDATEAFGDDDELDKMIDDYEGSDGECNEESSEDSDYVQPEGDDSDCGLTDIDLASGDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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