Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002781

染色体: Chr01 坐标: 46270245-46272496 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002781
名称SmilChr01G002781
描述heat stress transcription factor A-7a-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46270245 - 46272496 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986798
GeneID130986798
locus_tag-
NCBI NameLOC130986798
原始查询SmilChr01G002781

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat stress transcription factor A-7a-like
产物heat stress transcription factor A-7a-like
ArabidopsisAT2G26150 (HSFA2)
heat shock transcription factor A2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817155]
identity=42.8; qcov=0.898; evalue=2.19e-79; confidence=medium
RiceOs03g0795900 (HSFA2E)
-
identity=50.2; qcov=0.64; evalue=2.29e-74; confidence=high
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00447 (HSF_DNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986798

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766328.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766328.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766328.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766328.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766328.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46270598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:46271686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:46271717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A24
Chr1:46271979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr1:46272052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,C43
Chr1:46272124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:46272139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,C43
Chr1:46272151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C5
Chr1:46272173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766328.1
364 aa
N
1
182
364
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 60-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766328.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 60 149 2.6e-30 105.6 HSF-type DNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910345.1
ATGAATTTTGGTTTTGGAAAAGGGTTGATTTGTGAAGAGATTAGTGGTCTGTTTTTGACTGTGAAACATTTCTTAAAGGTTTCCAAAATGGGGAAAATGATAGCATAGAGATAGAGATAACAACAACACAACACAACACCGCTTTCTCTCTCATCACATTCTCTCTCCACCTGTAGCGTATGCCACTTCACGTACAAATGTGTACTCACAACCACCATCCTTGTGTCCTCTTTTCGCACGGAACCTCTCCCTTTCCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986798
ATGGCCAGAAACGAGCCTACCAGCGCGGAGATTATGCAGAGCATCAAGAAATATGAGGTTTTGATGTCTGTTAAGGAGGAGCCGCCCGTATCTCATGAAGAAAGTGGCGGCGCAGTGACGGAGGAGGAGCGGCTTCCGAAGCCGCTCGACGGGCTGAAGGAGAATGGGCCGCCGCCGTTTCTGAGGAAGACATTTGAGATGGTGGATGATCCCGAAACAGATTGCATAATTTCGTGGAGTCCCACGAAAAATAGTTTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766328.1
MARNEPTSAEIMQSIKKYEVLMSVKEEPPVSHEESGGAVTEEERLPKPLDGLKENGPPPFLRKTFEMVDDPETDCIISWSPTKNSFIVWDPHRFSTDLLPRHFKHSNFSSFVRQLNTYRFRKIDSDRWEFANEGFQQGKKHLLKHITRRKQNFQISRKQSWVDSPKHGAEEELENLKNNQNKLQTEVLKLRQQQEMTQSHLAAVEKRLRITETKQKHMTLFLIKFMKNPQLLQRITEKMKKIRALGSGEVLKKRRLAAPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器