当前解析结果
SmilChr01G002781| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002781 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002781 |
| 描述 | heat stress transcription factor A-7a-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 46270245 - 46272496 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986798 |
|---|---|
| GeneID | 130986798 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986798 |
| 原始查询 | SmilChr01G002781 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat stress transcription factor A-7a-like |
| 产物 | heat stress transcription factor A-7a-like |
| Arabidopsis | AT2G26150 (HSFA2)heat shock transcription factor A2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817155] identity=42.8; qcov=0.898; evalue=2.19e-79; confidence=medium |
| Rice | Os03g0795900 (HSFA2E)- identity=50.2; qcov=0.64; evalue=2.29e-74; confidence=high |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00447 (HSF_DNA-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986798 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766328.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766328.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766328.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766328.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057766328.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:46270598 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr1:46271686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:46271717 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,A24 |
Chr1:46271979 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr1:46272052 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C41,C43 |
Chr1:46272124 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:46272139 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C41,C43 |
Chr1:46272151 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C5 |
Chr1:46272173 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766328.1PF00447
HSF_DNA-bind 60-149 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766328.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 60 | 149 | 2.6e-30 | 105.6 | HSF-type DNA-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。