Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002782`

染色体: Chr01 坐标: 46272630-46278737 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002782`
名称	SmilChr01G002782
描述	uncharacterized SmilChr01G002782
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	46272630 - 46278737 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986810`
GeneID	`130986810`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986810`
原始查询	`SmilChr01G002782`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os09g0363700; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os09g0363700; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G57000` (AT5G57000) DEAD-box ATP-dependent RNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835802] identity=46.3; qcov=0.731; evalue=9.35e-24; confidence=medium
Rice	`Os09g0363700` - identity=49.3; qcov=0.753; evalue=2.79e-32; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986810

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057766333.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057766332.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057766333.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766333.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766333.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:46272931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr1:46272974`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:46273099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:46273111`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	125	A10,A11,A13,A2,A23,A24,A4,A7,B100,B101,B103,B104,B105,B108,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B118,B119,B121,B124,B125,B126,B127,B128,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B139,B14,B17,B18,B19,B2,B24,B25,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B41,B42,B44,B46,B5,B54,B56,B6,B63,B64,B66,B67,B68,B7,B71,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B91,B95,B99,C10,C11,C15,C16,C17,C19,C20,C23,C24,C29,C31,C32,C33,C37,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C54,C56,C58,C59,C6,C61,C62,C65,C66,C67,C7,C71,C72,C74,C76,C77,C80,C81,C83,C85,C86,C87,D1,D11,D2,D5,D8
`Chr1:46275464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C14,C2,C74,D6
`Chr1:46275613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr1:46275618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C41,C43
`Chr1:46277878`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	A16,A19,B5,C13,C70,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910350.1
ATTAAAGATAATGCTCACGTGTTTCAGCTTTTTCTATTGATGCAAAGCCTGCTTTTTTCTAACACGAATCTTTGATCATTCAAATGTATGATATTTTATTCTCTCCAATTCAAATCACCAAAATAGCTCCGCATCGGTAAGAAATTCAATCCACAAAAATTGTAGAAAAAGAAAAAAGGAGTCGGAGAATTCTTTCATGGCTGATTCCAAATCGTATCCTTCAAACTCTTCATCACCATCAGGGAAACATGTAAAAGCTC...

XM_057910354.1
TCTATTGATGCAAAGCCTGCTTTTTTCTAACACGAATCTTTGATCATTCAAATGTATGATATTTTATTCTCTCCAATTCAAATCACCAAAATAGCTCCGCATCGGTAAGAAATTCAATCCACAAAAATTGTAGAAAAAGAAAAAAGGAGTCGGAGAATTCTTTCATGGCTGATTCCAAATCGTATCCTTCAAACTCTTCATCACCATCAGGGAAACATGTAAAAGCTCCGAATGTGTTTGAGAGGGCAAAGGAAGAGTTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130986810
ATGGCTGATTCCAAATCGTATCCTTCAAACTCTTCATCACCATCAGGGAAACATGTAAAAGCTCCGAATGTGTTTGAGAGGGCAAAGGAAGAGTTTGAGGCAGTTGTACACAATGGGAAACACAGACATGAGCATCACAAGGAGACTCATGGATTGCGAGATGATATTGATTCCAACACTCCAATCAGTGATGTGAAGGCTCCCAATGTGTTTGAGAGAGCCAAGGAGGAATTTGAGGCCATTGTGGAGGCTATTCATCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057766332.1
MADSKSYPSNSSSPSGKHVKAPNVFERAKEEFEAVVHNGKHRHEHHKETHGLRDDIDSNTPISDVKAPNVFERAKEEFEAIVEAIHPKKESKSHDSHGYGETRNPAAKSHVKSETELHSDHQESQYYQISQYSPNSNQIPISEQLQPSQNISHNWFCDVQQTETNRKGNAWCEKEDVSLMLSWCSVSEDKVHVKNQKGASVWA

XP_057766333.1
MADSKSYPSNSSSPSGKHVKAPNVFERAKEEFEAVVHNGKHRHEHHKETHGLRDDIDSNTPISDVKAPNVFERAKEEFEAIVEAIHPKKESKSHDSHGYGETRNPAAKSHVKSETELHSVLAETKGKEGNESVKHKSHHHRETHGRSDDIDESTPIGDVKGPNVFERAKEEIEALIETIHPKKDSGRPK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器