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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002786

染色体: Chr01 坐标: 46331419-46332368 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002786
名称SmilChr01G002786
描述disease resistance protein RGA5-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46331419 - 46332368 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008899
GeneID131008899
locus_tag-
NCBI NameLOC131008899
原始查询SmilChr01G002786

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease resistance protein RGA5-like
产物disease resistance protein RGA5-like
ArabidopsisAT1G55775 (AT1G55775)
heavy metal-associated domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717362]
identity=48.1; qcov=0.38; evalue=1.88e-08; confidence=low
RiceOs04g0469000
-
identity=51.8; qcov=0.394; evalue=1.36e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791990.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791990.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057791990.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791990.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46331886 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B105,C39,C9
Chr1:46331886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C39,C9
Chr1:46331896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B41,B58
Chr1:46331899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,B82
Chr1:46331905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B133,C31,C39,C9
Chr1:46331911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,C47,D10
Chr1:46331922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B133,B83,C26
Chr1:46331938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B18,B61,B65,C18
Chr1:46331956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:46331970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B8,C47,D10
Chr1:46331974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:46331981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936007.1
ATGGGCAGATCTGGCGCGGGTAATAGAGGATGGGGTCGGACGGCGGTGGGTGGCGCGGAGGCTGGTGAGGATCTGGTGGTTCTGGCGGCGGAGCTAGGGGGTTTTGCTGCGGAAACCCTAGATCTGAAGCGGTGTTCTCGGATTCGACGGAAACCCTTGCAAAGGGACGAATCAACTCACACTACTCACAGAATCTTCATCTCCTCGCAAAATATTTCACTCCTTTCGTCGGCATCACATTCATCAATCGACAAAATGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008899
ATGGGCAGATCTGGCGCGGGTAATAGAGGATGGGGTCGGACGGCGGTGGGTGGCGCGGAGGCTGGTGAGGATCTGGTGGTTCTGGCGGCGGAGCTAGGGGGTTTTGCTGCGGAAACCCTAGATCTGAAGCGGTGTTCTCGGATTCGACGGAAACCCTTGCAAAGGGACGAATCAACTCACACTACTCACAGAATCTTCATCTCCTCGCAAAATATTTCACTCCTTTCGTCGGCATCACATTCATCAATCGACAAAATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791990.1
MGRSGAGNRGWGRTAVGGAEAGEDLVVLAAELGGFAAETLDLKRCSRIRRKPLQRDESTHTTHRIFISSQNISLLSSASHSSIDKMKIKIVVRVSMNDEKSRSKALKISVGISGVESAALAGASKDQVVVAGERIDAVELTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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