Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002792

染色体: Chr01 坐标: 46435156-46437299 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002792
名称SmilChr01G002792
描述glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46435156 - 46437299 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986915
GeneID130986915
locus_tag-
NCBI NameLOC130986915
原始查询SmilChr01G002792

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1-like
产物glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1-like
ArabidopsisAT5G57020 (NMT1)
myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835805]
identity=72.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0708100
-
identity=71.4; qcov=0.91; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004379 (glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0018008 (N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation)
KEGG-
PfamPF01233 (NMT); PF02799 (NMT_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986915

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766455.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057766455.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766455.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766455.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766455.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46435737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B114,B133
Chr1:46435768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B22,B41,C43,D8
Chr1:46435886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B28
Chr1:46435888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B27,B67,B99,C52
Chr1:46436048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,C21,C60,C81
Chr1:46436069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B41,C43,D8
Chr1:46436091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:46436199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B55
Chr1:46436288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B22,B41,C43,D8
Chr1:46436324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B14,B15,C26
Chr1:46436336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A24
Chr1:46436484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B19,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766455.1
434 aa
N
1
217
434
NMT
NMT_C
C
PF01233 NMT 71-230 aa PF02799 NMT_C 244-422 aa
XP_057766466.1
434 aa
N
1
217
434
NMT
NMT_C
C
PF01233 NMT 71-230 aa PF02799 NMT_C 244-422 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766455.1 Pfam PF01233 NMT Domain 71 230 8e-74 247.6 Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain
XP_057766455.1 Pfam PF02799 NMT_C Domain 244 422 2.2e-78 263.3 Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain
XP_057766466.1 Pfam PF01233 NMT Domain 71 230 8e-74 247.6 Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain
XP_057766466.1 Pfam PF02799 NMT_C Domain 244 422 2.2e-78 263.3 Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910472.1
AATATTTTCAACCCCAAAACAAGAAAATTATACTCCCAATCACAGCTCACTACTTCGTTTACTTCAATCAACTCTGCTGCCATGAAGCCCTAGTAGTTCATTTCTCGTTTCATTCTCATTGAAATCAGGCTATTTGAGTTACTTGGAAATGGCTGAGAATAATTCTTCATCTGAAAACAACAAAGAAAATCCAGATCAAGATTCTGCTGCTCTTTCGCTTTCCGGTTTTAGAAACTCCCCTGATGATGTTGTCCAGAAGT...
XM_057910483.1
AAATTATACTCCCAATCACAGCTCACTACTTCGTTTACTTCAATCAACTCTGCTGCCATGAAGCCCTAGTAGTTCATTTCTCGTTTCATTCTCATTGAAATCAGGCTATTTGAGTGTTTCCGGCAGTCAGAAAATTAAACTGAGGCCCGTGTTGTTACAGTACTTGGAAATGGCTGAGAATAATTCTTCATCTGAAAACAACAAAGAAAATCCAGATCAAGATTCTGCTGCTCTTTCGCTTTCCGGTTTTAGAAACTCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986915
ATGGCTGAGAATAATTCTTCATCTGAAAACAACAAAGAAAATCCAGATCAAGATTCTGCTGCTCTTTCGCTTTCCGGTTTTAGAAACTCCCCTGATGATGTTGTCCAGAAGTTTCAAGGATCCAATCCATATAACCAGGAGCATAAGTTTTGGGAGAGCCAGCCTGTTGGGCAATTTAAGGATGTTGGAGACTTGAGTTTGCCTGAGGGCCCGATCGAGCAGCCAACACTTTTATCTGAGGTCAAACAGGAGCCCTACAA...
LOC130986915
ATGGCTGAGAATAATTCTTCATCTGAAAACAACAAAGAAAATCCAGATCAAGATTCTGCTGCTCTTTCGCTTTCCGGTTTTAGAAACTCCCCTGATGATGTTGTCCAGAAGTTTCAAGGATCCAATCCATATAACCAGGAGCATAAGTTTTGGGAGAGCCAGCCTGTTGGGCAATTTAAGGATGTTGGAGACTTGAGTTTGCCTGAGGGCCCGATCGAGCAGCCAACACTTTTATCTGAGGTCAAACAGGAGCCCTACAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766455.1
MAENNSSSENNKENPDQDSAALSLSGFRNSPDDVVQKFQGSNPYNQEHKFWESQPVGQFKDVGDLSLPEGPIEQPTLLSEVKQEPYNLPGLYEWTLCDMDSDEVCNEVYLLLMNNYVEDDDNLFRFNYTKEFLRWGLRPPGFYQSWHIGVRVKASKKLVAFITGIPVKMRVRGEVVRMAEVNFLCVHKKLRSKRLAPVMIKEVTRKIHLENIWQAAYTAGVLLPTPVATCQYWHRTLNPKKLIDIGFSRLGDRMTMSRTI...
XP_057766466.1
MAENNSSSENNKENPDQDSAALSLSGFRNSPDDVVQKFQGSNPYNQEHKFWESQPVGQFKDVGDLSLPEGPIEQPTLLSEVKQEPYNLPGLYEWTLCDMDSDEVCNEVYLLLMNNYVEDDDNLFRFNYTKEFLRWGLRPPGFYQSWHIGVRVKASKKLVAFITGIPVKMRVRGEVVRMAEVNFLCVHKKLRSKRLAPVMIKEVTRKIHLENIWQAAYTAGVLLPTPVATCQYWHRTLNPKKLIDIGFSRLGDRMTMSRTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器