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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002823`

染色体: Chr01 坐标: 46769492-46771782 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002823`
名称	SmilChr01G002823
描述	40S ribosomal protein S3-3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	46769492 - 46771782 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987235`
GeneID	`130987235`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987235`
原始查询	`SmilChr01G002823`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S3-3
产物	40S ribosomal protein S3-3
Arabidopsis	`AT5G35530` (AT5G35530) Ribosomal protein S3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833518] identity=87; qcov=0.996; evalue=1.79e-149; confidence=high
Rice	`Os03g0577000` - identity=90.8; qcov=0.978; evalue=3.87e-153; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00189 (Ribosomal_S3_C); PF07650 (KH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766871.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057766871.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057766871.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057766871.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766871.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:46769790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr1:46769901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr1:46770021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B64,B69,B81,C53
`Chr1:46770284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr1:46770350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:46770367`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B100,B9,B95,C56
`Chr1:46770390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B9
`Chr1:46770391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B100,B9
`Chr1:46771299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,C23,C38
`Chr1:46771511`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766871.1

232 aa

116

232

KH_2

Ribosomal_S3_C

PF07650 KH_2 20-94 aa PF00189 Ribosomal_S3_C 106-188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766871.1`	Pfam	`PF07650`	KH_2	Domain	20	94	2.7e-15	56.7	KH domain
`XP_057766871.1`	Pfam	`PF00189`	Ribosomal_S3_C	Domain	106	188	3.1e-27	95.6	Ribosomal protein S3, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910888.1
ATCTATTGGCATGTAGCGACCAAAAACTTGATAAGGCTTAACTTGTTAGGGAAAGCCCAATTTGTTCTTGTCTATATGTTTATGCGAATTAGCCCAATTTAAATGTATGCAGGAAAGCCCAAAGTTGGGTAACTCAGAACTCATATAAGCAATTGGATTGAGTTTCCAGCCATCATATAAATAACAATTAACACTCAAACCCTAATCTCCATCTAGGGCTTGCACATTCTCGCGGAACAGCAAATTCTCAGATCTTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987235
ATGGCGACTCAGATGAGCAAGAAGCGAAAGTTTGTGGCTGATGGAGTGTTCTTCGCGGAGTTGAACGAGGTGCTCACTCGTGAGCTGGCGGAGGACGGCTACTCCGGCGTTGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATCATCATTCGCGCTACCCGCACCCAAAACGTTCTAGGAGAGAAGGGGAGGAGGATAAGGGAGCTCACCTCGGTGGTGCAGAAGAGGTTTAAGTTTCCGGAAAACAGCGTGGAGTTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766871.1
MATQMSKKRKFVADGVFFAELNEVLTRELAEDGYSGVEVRVTPMRTEIIIRATRTQNVLGEKGRRIRELTSVVQKRFKFPENSVELYAEKVNNRGLCAIAQAESLRYKLLGGLAVRRACYGVLRFVMENGAKGCEVIVSGKLRAQRAKSMKFKDGYMISSGQPVKEYIDSAVRHVLLRQGVLGIKVKIMLDWDPKGKLGPVTPLPDIVTIHPPKEEEAFRPTLVPTEVEVQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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