Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002831

染色体: Chr01 坐标: 46909817-46919523 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002831
名称SmilChr01G002831
描述uncharacterized SmilChr01G002831
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向46909817 - 46919523 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987423
GeneID130987423
locus_tag-
NCBI NameLOC130987423
原始查询SmilChr01G002831

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DENN (AEX-3) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833521]; symbol=AT5G35560; hit=AT5G35560; species=arabidopsis; confidence=high
产物DENN (AEX-3) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833521]; symbol=AT5G35560; hit=AT5G35560; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G35560 (AT5G35560)
DENN (AEX-3) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833521]
identity=62.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0777100 (OJ1534_E09.9-2)
-
identity=55.3; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF02141 (DENN); PF03456 (uDENN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987423

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766970.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057766970.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.60000 XP_057766970.1
4 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057766970.1
5 Endosome 内体 0.40000 XP_057766941.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:46910307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B32
Chr1:46910317 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A21
Chr1:46910317 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 A21
Chr1:46913515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B32
Chr1:46913699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B85,C23
Chr1:46914446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:46915820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B131,B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766941.1
800 aa
N
1
400
800
uDENN
DENN
C
PF03456 uDENN 161-238 aa PF02141 DENN 562-661 aa
XP_057766948.1
800 aa
N
1
400
800
uDENN
DENN
C
PF03456 uDENN 161-238 aa PF02141 DENN 562-661 aa
XP_057766955.1
790 aa
N
1
395
790
uDENN
DENN
C
PF03456 uDENN 161-238 aa PF02141 DENN 562-661 aa
XP_057766962.1
790 aa
N
1
395
790
uDENN
DENN
C
PF03456 uDENN 161-238 aa PF02141 DENN 562-661 aa
XP_057766967.1
790 aa
N
1
395
790
uDENN
DENN
C
PF03456 uDENN 161-238 aa PF02141 DENN 562-661 aa
XP_057766970.1
687 aa
N
1
344
687
uDENN
DENN
C
PF03456 uDENN 48-125 aa PF02141 DENN 453-548 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766941.1 Pfam PF03456 uDENN Domain 161 238 1.2e-08 36.0 uDENN domain
XP_057766941.1 Pfam PF02141 DENN Family 562 661 2.2e-26 93.5 DENN (AEX-3) domain
XP_057766948.1 Pfam PF03456 uDENN Domain 161 238 1.2e-08 36.0 uDENN domain
XP_057766948.1 Pfam PF02141 DENN Family 562 661 2.2e-26 93.5 DENN (AEX-3) domain
XP_057766955.1 Pfam PF03456 uDENN Domain 161 238 1.2e-08 36.0 uDENN domain
XP_057766955.1 Pfam PF02141 DENN Family 562 661 2.2e-26 93.6 DENN (AEX-3) domain
XP_057766962.1 Pfam PF03456 uDENN Domain 161 238 1.2e-08 36.0 uDENN domain
XP_057766962.1 Pfam PF02141 DENN Family 562 661 2.2e-26 93.6 DENN (AEX-3) domain
XP_057766967.1 Pfam PF03456 uDENN Domain 161 238 1.2e-08 36.0 uDENN domain
XP_057766967.1 Pfam PF02141 DENN Family 562 661 2.2e-26 93.6 DENN (AEX-3) domain
XP_057766970.1 Pfam PF03456 uDENN Domain 48 125 1e-08 36.3 uDENN domain
XP_057766970.1 Pfam PF02141 DENN Family 453 548 9.9e-27 94.7 DENN (AEX-3) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910972.1
CTTCCATATTTTCTTTTGTTAGTACTAATTTCTTCCTACATGAATACCGAAAAACACAAGTACTACTTCACTTTGATTATAAGTCTGATTATAATTAATTATTACTATTAATTTTTCTTTTTGAAGGAATTAGTAATTGTTATTTCATGCACTGTGTGTGGGTAAGGGGGTTTTCTTTTCCAACTTTCCTTCATTTTTTCGTCTCTTTTCTAGAAAAACCAACCAGGAAAATAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCATCTTT...
XM_057910958.1
CTTCCATATTTTCTTTTGTTAGTACTAATTTCTTCCTACATGAATACCGAAAAACACAAGTACTACTTCACTTTGATTATAAGTCTGATTATAATTAATTATTACTATTAATTTTTCTTTTTGAAGGAATTAGTAATTGTTATTTCATGCACTGTGTGTGGGTAAGGGGGTTTTCTTTTCCAACTTTCCTTCATTTTTTCGTCTCTTTTCTAGAAAAACCAACCAGGAAAATAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCATCTTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130987423
ATGGAGAGAGGTGAAGAATCAGGTAGTCCTAGTTGGAGCTCATCATTCTATATGCCAACAACTGAGGATGTTGCTAGAGCTGTTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGTTCGTTCTCCACGGCCTTCTGTGGTGTATTCATCAAAAGATGATAGTGGTGGCCAGCTTAAAAAACTTCAGCATCAGGTCTCAAGATTATTGAAAGGACTATCCAGTCCTCCCGAAGTTAAAAGCGGAGCGTATAACCCAGAAATACTAACTAGTCA...
LOC130987423
ATGGAGAGAGGTGAAGAATCAGGTAGTCCTAGTTGGAGCTCATCATTCTATATGCCAACAACTGAGGATGTTGCTAGAGCTGTTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGTTCGTTCTCCACGGCCTTCTGTGGTGTATTCATCAAAAGATGATAGTGGTGGCCAGCTTAAAAAACTTCAGCATCAGGTCTCAAGATTATTGAAAGGACTATCCAGTCCTCCCGAAGTTAAAAGCGGAGCGTATAACCCAGAAATACTAACTAGTCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057766941.1
MERGEESGSPSWSSSFYMPTTEDVARAVAAAAAAVRSPRPSVVYSSKDDSGGQLKKLQHQVSRLLKGLSSPPEVKSGAYNPEILTSQKRQWANFQLQMLDHKVWKEPSKLFESMVVVGLPPNSDVQALQNLYFARKFEGSGRLRSALGGQNQCRIEPNLEPQVLFVYPPEKQLPLKYKDLLSFCFPNGVEVNAVERTPSMSELNEILLGQEHLKQSDLSFVFRLQVADSSTLYGCCVLVEEMIQKPSGLISTISDGQPAC...
XP_057766948.1
MERGEESGSPSWSSSFYMPTTEDVARAVAAAAAAVRSPRPSVVYSSKDDSGGQLKKLQHQVSRLLKGLSSPPEVKSGAYNPEILTSQKRQWANFQLQMLDHKVWKEPSKLFESMVVVGLPPNSDVQALQNLYFARKFEGSGRLRSALGGQNQCRIEPNLEPQVLFVYPPEKQLPLKYKDLLSFCFPNGVEVNAVERTPSMSELNEILLGQEHLKQSDLSFVFRLQVADSSTLYGCCVLVEEMIQKPSGLISTISDGQPAC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器